龙朔二年壬戌（公元662年）

八月壬寅日，任命许敬宗为太子少师、同东西台三品，主持西台事务。

九月戊寅日，朝廷首次下令八品、九品官员穿碧色官服。

冬季十月丁酉日，皇帝前往骊山温泉，命太子监理国政；丁未日，返回宫中。

庚戌日，西台侍郎陕州人上官仪被任命为同东西台三品。

癸丑日，皇帝下诏，定于龙朔四年正月前往泰山举行封禅大典，并于明年二月前往东都洛阳。

左相许圉师的儿子、奉辇直长许自然，打猎时践踏了百姓的田地，田主发怒指责，许自然竟用鸣镝（带响的箭）射他。许圉师仅杖责许自然一百下，却没有将此事上报朝廷。田主到司宪台告状，司宪大夫杨德裔不予审理。西台舍人袁公瑜派人改名换姓上奏密信告发此事，皇帝说：“许圉师身为宰相，欺凌百姓，隐瞒不报，这难道不是作威作福吗！”许圉师谢罪说：“臣身居宰相之位，以正直之道侍奉陛下，未能完全迎合众人之心，因此被人攻击揭发。至于作威作福，要么是手握重兵的将领，要么是身居重镇的官员；臣只是个文官，侍奉圣明君主，只知闭门自守，怎敢作威作福！”皇帝发怒说：“你是怨恨自己没有兵权吗！”许敬宗趁机说：“臣子如此狂妄，罪该万死。”皇帝立即下令将许圉师带出去。随后下诏，特意免去他的官职。癸酉日，册立皇子旭轮为殷王。

十二月戊申日，皇帝下诏，因正在讨伐高丽、百济，黄河以北的百姓被征役所困扰，原定的封禅泰山、前往东都洛阳的计划一律暂停。

风海道总管苏海政奉诏讨伐龟兹，朝廷命令兴昔亡、继往绝两位可汗出兵与他一同前往。抵达兴昔亡可汗的领地后，继往绝可汗向来与兴昔亡可汗有怨恨，秘密对苏海政说：“阿史那弥射（兴昔亡可汗）图谋造反，请你诛杀他。”当时苏海政手下只有几千士兵，召集军吏商议说：“如果弥射真的造反，我们就活不成了，不如先下手杀了他。”于是伪造皇帝敕令，派大总管携带数万段丝帛赏赐两位可汗及各部落酋长，兴昔亡可汗率领部众前来受赏时，苏海政将他们全部逮捕斩首。鼠尼施、拔塞干两个部落逃走，苏海政与继往绝可汗追击，平定了这两个部落。军队返回途中，到达疏勒以南时，弓月部又带领吐蕃军队前来，想要与唐军交战；苏海政因军队疲惫，不敢迎战，用军用物资贿赂吐蕃，约定和解后返回。从此，西突厥各部落都认为兴昔亡可汗是冤枉的，各自产生了背离唐朝的想法。不久继往绝可汗去世，西突厥十姓部落没有了首领，阿史那都支和李遮匐收集残余部众，归附了吐蕃。

这一年，西突厥侵犯庭州，刺史来济率领军队抵抗，对部下说：“我早就该死了，有幸承蒙朝廷保全到今天，应当以死报国！”于是不解盔甲，率军冲入敌阵战死。

龙朔三年癸亥（公元663年）

春季正月，左武卫将军郑仁泰讨伐铁勒部落的残余反叛势力，将其全部平定。

乙酉日，任命李义府为右相，仍负责吏部选官事务。

二月，朝廷将燕然都护府迁移到回纥部落所在地，改名为瀚海都护府；将原来的瀚海都护府迁移到云中古城，改名为云中都护府。以沙漠为界，沙漠以北的州府都隶属于瀚海都护府，沙漠以南的隶属于云中都护府。

三月，许圉师再次被贬为虔州刺史，杨德裔因偏袒包庇许圉师，被流放庭州；许圉师的儿子许文思、许自然都被免去官职。

右相河间郡公李义府负责吏部选官，依仗皇后的权势，专以卖官为业，选官混乱无序，民间怨声载道。皇帝对此颇有耳闻，从容地对李义府说：“你的儿子和女婿做事很不谨慎，经常违法乱纪。我还在为你遮掩，你应当好好告诫他们！”李义府突然脸色大变，脖颈和脸颊都涨得通红，问道：“是谁告诉陛下的？”皇帝说：“只是我这么说而已，你何必追问消息来源呢！”李义府毫无悔意，缓步离去。皇帝从此对他心生不满。

占卜望气的人杜元纪对李义府说，他的住宅有监狱之气，应当积聚二十万缗钱来镇住邪气，李义府深信不疑，于是加紧搜刮钱财。李义府为母亲守丧期间，每逢初一、十五朝廷给假让他哭祭，他总是穿便服与杜元纪出城到东郊，登上古墓眺望气色。有人告发李义府窥探灾异征兆，暗中图谋不轨。又有人告发他派儿子右司议郎李津召见长孙无忌的孙子长孙延，收受长孙延七百缗钱，任命长孙延为司津监。右金吾仓曹参军杨行颖将此事上报朝廷。夏季四月乙丑日，朝廷将李义府关进监狱，派遣司刑太常伯刘祥道与御史、详刑官员共同审讯，还命令司空李积监督审理过程。经查证，所有罪行都属实。戊子日，皇帝下诏将李义府削除名籍，流放巂州；李津也被削除名籍，流放振州；李义府的其他儿子及女婿全部被削除名籍，流放庭州。朝廷内外无不拍手称快。

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有人撰写了《河间道行军元帅刘祥道破铜山大贼李义府露布》（捷报），张贴在交通要道上。李义府曾掠夺了许多人的奴婢，他败落后，这些奴婢都各自逃回了家中，因此捷报中写道：“混杂的奴婢被随意释放，各自认出家门争相涌入。”乙未日，朝廷在新罗国设置鸡林大都督府，任命金法敏为大都督。

丙午日，蓬莱宫含元殿建成，皇帝开始迁移仪仗前往居住，将原来的皇宫改名为西内。戊申日，皇帝首次亲临紫宸殿处理朝政。

五月壬午日，柳州蛮族酋长吴君解反叛；朝廷派遣冀州长史刘伯英、右武卫将军冯士翙征调岭南军队前往讨伐。

吐蕃与吐谷浑相互攻打，各自派遣使者上表朝廷，争论是非曲直，还轮番前来请求援军；皇帝都没有批准。

吐谷浑大臣素和贵犯了罪，逃奔吐蕃，详细告知了吐谷浑的虚实情况，吐蕃于是发兵进攻吐谷浑，大败吐谷浑军队。吐谷浑可汗曷钵与弘化公主率领数千帐部众放弃国家，逃往凉州依附唐朝，请求迁徙到唐朝内地居住。皇帝任命凉州都督郑仁泰为青海道行军大总管，率领右武卫将军独孤卿云、辛文陵等人分别屯驻凉州、鄯州，防备吐蕃入侵。六月戊申日，又任命左武卫大将军苏定方为安集大使，调度节制各路军队，作为吐谷浑的援军。

吐蕃禄东赞屯兵青海，派遣使者论仲琮入朝觐见，上表陈述吐谷浑的罪行，并且请求与唐朝和亲。皇帝没有同意，派遣左卫郎将刘文祥出使吐蕃，颁发玺书斥责吐蕃。

秋季八月戊申日，皇帝因辽东地区连年用兵，百姓被征调所困扰，士兵战死、溺死的人数很多，下诏停止三十六州的造船工程，派遣司元太常伯窦德玄等人分别前往十道，慰问百姓疾苦，考核升降地方官员。窦德玄是窦毅的曾孙。

九月戊午日，熊津道行军总管、右威卫将军孙仁师等人在白江击败百济残余部众及倭国军队，攻克百济都城周留城。

起初，刘仁愿、刘仁轨攻克真岘城后，朝廷下诏命令孙仁师率领军队渡海援助他们。百济王丰向南勾结倭国军队抵抗唐军。孙仁师与刘仁愿、刘仁轨合兵一处，声势大振。众将领认为加林城是水陆交通要冲，想要先攻打它，刘仁轨说：“加林城地势险要坚固，急于攻打会伤亡很多士兵，拖延时日则会旷日持久。周留城是敌人的巢穴，群凶聚集之地，除恶必须根除源头，应当先攻打周留城；如果攻克周留城，其他城池自然会不攻自破。”于是孙仁师、刘仁愿与新罗王金法敏率领陆军进军，刘仁轨与副将杜爽、抚馀隆率领水军及粮船从熊津驶入白江，与陆军会合，一同奔赴周留城。在白江口遭遇倭国军队，四战四捷，烧毁倭国战船四百艘，烟火冲天，海水都被染成了红色。百济王丰脱身逃往高丽，王子忠胜、忠志等人率领部众投降，百济被彻底平定，只有偏将迟受信据守任存城，没有被攻克。

起初，百济西部人黑齿常之，身高七尺多，骁勇善战且富有谋略，在百济担任达率兼郡将，相当于唐朝的刺史。苏定方平定百济时，黑齿常之率领部下随同众人投降。苏定方囚禁了百济王及太子，放纵士兵劫掠，百济的青壮年大多被杀死。黑齿常之感到恐惧，与手下十多人逃回本部族，收集逃亡离散的部众，据守任存山，修建营栅自卫，一个月之内，归附他的人就有三万多。苏定方派遣军队攻打他，黑齿常之率军抵抗，唐军失利；黑齿常之又攻占了二百多座城池，苏定方无法攻克，只好撤军返回。黑齿常之与另一部落将领沙吒相如各自据守险要之地响应福信，百济战败后，两人都率领部众投降唐朝。刘仁轨派黑齿常之、沙吒相如亲自率领部下攻打任存城，并供给他们粮草和武器。孙仁师说：“这些人都是野兽心肠，怎么能相信呢！”刘仁轨说：“我看这两个人都忠诚勇敢、富有谋略，诚实守信、重视道义；只是从前他们所托付的人不对，如今正是他们感激朝廷、立功报效的时候，不必怀疑。”于是供给他们粮草武器，还分兵跟随他们，最终攻克了任存城，迟受信抛弃妻子儿女，逃往高丽。

朝廷下诏命令刘仁轨率领军队镇守百济，召孙仁师、刘仁愿返回唐朝。百济经过战乱之后，家家户户破败残缺，尸体遍野。刘仁轨首先下令埋葬尸体，登记户籍，整理村落，任命官长，开通道路，修建桥梁，修补堤坝，恢复陂塘，督促百姓耕种纺织，赈济贫困人家，赡养孤寡老人，建立唐朝的宗庙社稷，颁布唐朝的历法和宗庙讳字；百济百姓非常高兴，全境都安居乐业。之后，刘仁轨又下令修筑屯田，储备粮食，训练士兵，为攻打高丽做准备。

刘仁愿回到长安后，皇帝问他：“你在海东地区，前后上奏的事情，都合乎时宜，而且文理通顺。你本来是武将，怎么能做到这样呢？”刘仁愿回答：“这都是刘仁轨做的，不是我能比得上的。”皇帝很高兴，将刘仁轨的官阶提升六级，正式任命他为带方州刺史，还在长安为他建造住宅，厚赏他的妻子儿女，并派遣使者携带玺书前去慰劳勉励他。上官仪说：“刘仁轨遭受贬谪却能尽忠报国，刘仁愿手握兵权却能推荐贤才，都可以称得上是君子了。”

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冬季十月辛巳朔日，皇帝下诏让太子每五天在光顺门内处理各部门上奏的事务，那些小事都委托太子裁决。

十二月庚子日，皇帝下诏更改明年的年号。

壬寅日，任命安西都护高贤为行军总管，率领军队攻打弓月部，援救于阗。

这一年，大食国攻打波斯、拂菻（东罗马帝国），将两国击败；又向南入侵婆罗门（古印度），吞并了各个胡人部落，拥有兵力四十多万。

麟德元年甲子（公元664年）

春季正月甲子日，朝廷将云中都护府改名为单于大都护府，任命殷王李旭轮为单于大都护。

起初，李靖击败突厥后，将三百帐突厥人迁移到云中城，任命阿史德氏为他们的首领。到这时，该部落人口逐渐增多，阿史德氏前往朝廷，请求按照突厥的习俗立一位亲王为可汗来统领他们。皇帝召见他，对他说：“如今的可汗，就是古代的单于。”因此将云中都护府改名为单于大都护府，让殷王李旭轮遥领大都护之职。

二月戊子日，皇帝前往万年宫。

夏季四月壬子日，卫州刺史道孝王李元庆去世。

丙午日，魏州刺史郇公李孝协因贪污受贿获罪，被赐死。司宗卿陇西王李傅义等人上奏说，李孝协的父亲李叔良为国家战死，李孝协没有兄弟，恐怕会断绝子嗣。皇帝说：“法律是统一的，不能因亲疏而有所不同，如果伤害百姓，即使是皇太子也不能赦免。李孝协有一个儿子，何必担心断绝祭祀呢！”李孝协最终在自己家中自尽。

五月戊申朔日，遂州刺史许悼王李孝去世。

乙卯日，朝廷在昆明的弄栋川设置姚州都督府。

秋季七月丁未朔日，皇帝下诏，定于麟德三年正月前往泰山举行封禅大典。

八月丙子日，皇帝返回京师长安，前往旧时的住宅居住，停留了七天；壬午日，返回蓬莱宫。

丁亥日，任命司列太常伯刘祥道兼任右相，大司宪窦德玄为司元太常伯、检校左相。冬季十月庚辰日，检校熊津都督刘仁轨上奏说：“臣观察留在百济的戍兵，疲惫瘦弱的居多，勇敢健壮的较少，衣服破旧，只想返回西边故乡，没有心思为国效力。臣问他们：‘从前在海西时，看到百姓人人自愿应募，争相想要从军，有的还请求自己置办衣物粮食，称之为“义征”，为什么如今士卒却这样呢？’他们都说：‘如今的官府和从前不同，人心也不一样了。从前东西征战，士兵为国捐躯，都会承蒙皇帝派遣使者吊唁祭祀，追赠官爵，有的还把死者的官爵转授给他的弟弟；凡是渡过辽海征战的，都赐勋级一级。自显庆五年以来，出征的士兵多次渡海，官府不记录他们的功劳，战死的人也无人过问。州县每次征调百姓当兵，那些年轻力壮且富裕的人，花钱行贿，都能逃避征召；贫穷的人即使年老体弱，也会被强行征召入伍。不久前攻破百济及平壤的苦战中，当时将帅发号施令，许诺的功勋赏赐无所不有；等到返回西岸，只听说被枷锁囚禁、剥夺赏赐、取消勋级，还被州县官吏催逼勒索，无法生存，公私困苦，难以尽言。因此上次从海西出发时，就已经有逃亡或自残避役的人，并非到了海外才这样。此外，本来百姓是凭借征战获得的勋级为荣宠；但近年出征，都让勋官拉车服役，劳苦与普通百姓没有区别，百姓不愿从军，大概都是因为这个原因。’臣又问：‘从前士卒留镇五年，尚且能够维持，如今你们才经过一年，为什么如此匮乏？’他们都说：‘当初离家时，官府只让准备一年的物资装备；如今已经两年了，还没有返回的日期。’臣检查士兵留存的衣物，今年冬天勉强可以应付，明年秋天以后，完全没有准备。陛下留兵海外，想要消灭高丽。百济、高丽向来相互勾结支援，倭国虽然遥远，也会相互呼应，如果没有镇兵，他们还会重新联合成一个国家。如今既需要派兵戍守，又要设置屯田，所依靠的是士卒同心同德，但众人有这样的想法，怎能指望成功！如果不进行改革，给予丰厚的慰劳，明确奖赏、严厉惩罚来鼓舞士气，只是像如今这样处置，恐怕军队疲惫衰老，难以建功。逆耳的忠言，或许没有人敢向陛下完全陈述，因此臣披肝沥胆，冒死上奏。”

皇帝深表赞同并采纳了他的意见，派遣右威卫将军刘仁愿率领军队渡海替换原来的镇兵，还下令让刘仁轨一同返回。刘仁轨对刘仁愿说：“国家孤军驻守海外，想要谋划攻取高丽，这件事并不容易。如今粮食还没有收割完毕，如果军吏和士卒一次性全部替换，将领也返回国内；夷人刚刚归服，人心尚未安定，必定会发生变乱。不如暂且留下旧兵，逐步收割粮食，置办物资粮草，分批遣送他们返回；将领暂且留下镇守安抚，不能返回。”刘仁愿说：“我之前返回海西，遭到很多谗言诽谤，说我多留士兵，图谋占据海东，几乎难逃灾祸。如今只知道按照敕令行事，怎敢擅自做主！”刘仁轨说：“臣子如果对国家有利，就应该知无不为，怎能顾虑个人安危！”于是上奏陈述利弊，请求亲自留下镇守海东。皇帝批准了他的请求。还任命扶馀隆为熊津都尉，让他招抚百济残余部众。

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起初，武后能够屈身忍辱，顺从皇帝的意愿，因此皇帝排除众议立她为后；等到她得志后，就专擅作威作福，皇帝想要做什么，动辄被她牵制，皇帝非常愤怒。有个道士郭行真，出入皇宫，曾经施行诅咒害人的厌胜之术，宦官王伏胜揭发了这件事。皇帝大怒，秘密召见西台侍郎、同东西台三品上官仪商议。上官仪趁机说：“皇后专横放纵，天下人都不认同，请陛下废黜她。”皇帝也认为应当这样，立即命令上官仪草拟诏书。

皇帝身边的人急忙跑去告诉武后，武后迅速赶到皇帝面前诉说冤屈。诏书草稿还在皇帝那里，皇帝羞愧退缩，不忍心废后，又像以前一样对待她；又担心武后怨恨，于是欺骗她说：“我起初并没有这个想法，都是上官仪教我的。”上官仪先前担任陈王咨议，与王伏胜都曾侍奉过前太子李忠，武后于是让许敬宗诬告上官仪、王伏胜与李忠图谋大逆。十二月丙戌日，上官仪被关进监狱，与他的儿子上官庭芝、王伏胜一同被处死，家产被没收。戊子日，李忠在流放地被赐死。右相刘祥道因与上官仪关系友好，被免去政事，改任司礼太常伯；左肃机郑钦泰等众多朝廷官员被流放贬谪，都是因为与上官仪有交往。

从此，皇帝每次处理朝政，武后都在帘后垂帘听政，政事无论大小她都要参与。天下大权全部归于皇后，官员的升降、百姓的生死，都由她决定，皇帝只是拱手无为而已，朝廷内外称他们为“二圣”。

太子右中护、检校西台侍郎乐彦玮、西台侍郎孙处约一同被任命为同东西台三品。

麟德二年乙丑（公元665年）

春季正月丁卯日，吐蕃派遣使者入朝觐见，请求再次与吐谷浑和亲，还要求获得赤水地区作为畜牧之地，皇帝没有同意。