刑部认为谋反叛逆罪的连坐律中，兄弟没入官府为奴的处罚过轻，请求改为死刑。太宗下令让八座官员商议，商议的人都认为“秦、汉、魏、晋的法律，谋反者都要诛灭三族，如今应当按照刑部的请求执行才对。”给事中崔仁师反驳说：“古代父子兄弟罪不相连，怎么能用亡秦的残酷法律改变周朝的中典！况且诛杀他的父子，已经足以让他痛心，这样都不顾及，又何必爱惜兄弟！”太宗采纳了他的意见。
太宗问侍臣：“自古以来，有的君主昏乱而臣子治理得好，有的君主清明而臣子昏乱，这两种情况哪种更好？”魏征回答说：“君主清明，善恶赏罚就得当，臣子怎么能昏乱！如果君主昏乱，放纵暴虐、刚愎自用、拒绝劝谏，即使有贤良的臣子，又能发挥什么作用！”太宗说：“齐文宣得到杨遵彦，难道不是君主昏乱而臣子治理得好吗？”魏征回答说：“杨遵彦的才能只是挽救危亡罢了，哪里算得上治理得好呢！”
春，正月丙寅日，太宗对群臣说：“听说外面的士人百姓因为太子有脚疾，魏王聪慧，常常跟随我出游，就突然产生了异议，那些投机取巧的人，已经有依附魏王的了。太子虽然脚有毛病，但并不妨碍行走。况且《礼记》规定：嫡子死了，就立嫡孙。太子的儿子已经五岁了，我终究不会用庶子取代嫡子的宗嗣地位，开启窥伺皇位的根源。”
郑文贞公魏征病重，太宗派遣使者前去慰问，赏赐药品，使者络绎不绝。又派遣中郎将李安俨住在他的府邸，随时奏报他的病情变化。太宗还和太子一同前往魏征的府邸，指着衡山公主，想把她嫁给魏征的儿子魏叔玉。戊辰日，魏征去世，太宗下令九品以上的官员都要前去吊丧，赐给羽葆鼓吹，让他陪葬昭陵。魏征的妻子裴氏说：“魏征一生节俭朴素，如今用一品官的仪仗安葬，不符合死者的心意。”全部推辞不接受，用布车装载灵柩下葬。太宗登上宫苑西楼，遥望灵柩痛哭不止。太宗亲自撰写碑文，并亲手书写刻在石碑上。太宗对魏征思念不已，对侍臣说：“人以铜为镜，可以端正衣冠；以历史为镜，可以看到朝代的兴衰更替；以人为镜，可以知道自己的得失。魏征去世，我就失去了一面镜子啊！”
鄠县县尉游文芝告发代州都督刘兰成谋反，戊申日，刘兰成被处以腰斩之刑。右武侯将军丘行恭挖出刘兰成的心肝吃了；太宗听说后责备他说：“刘兰成谋反，国家有固定的刑罚，何至于这样！如果认为这是忠孝之举，那么太子和诸王应该先吃，哪里轮得到你！”丘行恭感到惭愧，磕头谢罪。
小主，
二月壬午日，太宗问谏议大夫褚遂良：“舜制造漆器，劝谏的有十几个人。这有什么值得劝谏的？”褚遂良回答说：“奢侈是危亡的根本；漆器不停止制作，接下来就会用金玉制作。忠臣爱护君主，一定会防范萌芽状态的问题，如果祸乱已经形成，就没有什么可劝谏的了。”太宗说：“对。我有过错，你也应当在萌芽状态时劝谏。我看到前代帝王拒绝劝谏的，大多说‘已经做了’，或者说‘已经答应了’，最终不肯改正。这样下去，想要不危亡，可能吗？”
当时皇子担任都督、刺史的大多年幼，褚遂良上疏说：“汉宣帝说：‘能和我共同治理天下的，难道不是贤良的郡守吗？’如今皇子年幼，不懂从政之道，不如暂且留在京城，用经术教导他们，等他们长大再派出去。”太宗认为他说得对。
壬辰日，任命太子詹事张亮为洛州都督。侯君集自认为有功却被交付司法官审讯，心怀怨恨，有反叛的意图。张亮出任洛州都督，侯君集刺激他说：“是谁排挤你？”张亮说：“除了你还有谁！”侯君集说：“我平定一个国家回来，却遭到像屋子一样大的怨恨，怎么能排挤别人！”于是捋起袖子说：“郁郁寡欢，实在活不下去了！你能反叛吗？我和你一起反叛！”张亮秘密把这件事奏报给太宗。太宗说：“你和侯君集都是功臣，说话时旁边没有其他人，如果交付司法官审讯，侯君集一定不会服罪。这样一来，事情的结果就难以预料了，你暂且不要说出去。”对待侯君集依然像从前一样。
鄜州都督尉迟敬德上表请求退休；乙巳日，任命尉迟敬德为开府仪同三司，每五天入朝参拜一次。
丁未日，太宗说：“君主只有一颗心，而攻击它的人却很多。有的人凭借勇力，有的人凭借口才，有的人凭借谄媚，有的人凭借奸诈，有的人凭借贪欲，纷纷聚集起来攻击，各自谋求自我表现，以获取宠爱和俸禄。君主稍有懈怠，接受了其中一种，危亡就会随之而来，这就是君主难以做的原因。”
戊申日，太宗下令在凌烟阁绘制功臣画像，他们是：赵公长孙无忌、赵郡元王李孝恭、莱成公杜如晦、郑文贞公魏征、梁公房玄龄、申公高士廉、鄂公尉迟敬德、卫公李靖、宋公萧瑀、褒忠壮公段志玄、夔公刘弘基、蒋忠公屈突通、郧节公殷开山、谯襄公柴绍、邳襄公长孙顺德、郧公张亮、陈公侯君集、郯襄公张公谨、卢公程知节、永兴文懿公虞世南、渝襄公刘政会、莒公唐俭、英公李世积、胡壮公秦叔宝。
齐州都督齐王李佑，性情轻浮急躁，他的舅舅尚乘直长阴弘智劝说他：“大王兄弟众多，陛下千秋万岁之后，应当拥有壮士来保卫自己。”李佑认为他说得对。阴弘智于是推荐自己妻子的哥哥燕弘信，李佑很喜欢他，赏赐给他大量金玉，让他暗中招募敢死之士。
太宗挑选刚正不阿的人来辅佐诸王，担任长史、司马，诸王有过错就奏报给太宗。李佑亲近小人，喜欢打猎，长史权万纪多次劝谏，他都不听。壮士昝君謩、梁猛彪得到李佑的宠爱，权万纪都弹劾并驱逐了他们，李佑又暗中把他们召回来，更加宠爱。太宗多次写信严厉责备李佑，权万纪担心自己也会被治罪，对李佑说：“大王如果确实能改过自新，我请求入朝为你说明情况。”于是列出李佑的过失，逼迫他上表自首，李佑害怕，就听从了。权万纪到达京城，说李佑一定能改正错误。太宗非常高兴，勉励了权万纪，又列举李佑以前的过错，用敕书告诫他。李佑听说后，大怒说：“长史出卖我！劝说我自首却把功劳归于自己，我一定要杀了他。”太宗认为校尉京兆人韦文振谨慎正直，任命他为李佑府中的典军，韦文振多次劝谏，李佑也厌恶他。
权万纪性情狭隘，专门用严厉苛刻的手段约束李佑，不让他走出城门，把他的鹰犬全部放走，禁止昝君謩、梁猛彪见到李佑。恰逢权万纪的宅院里夜里落下一块石头，权万纪认为是昝君謩、梁猛彪想谋杀自己，把他们全部逮捕关押，通过驿站奏报给太宗，还弹劾了几十个和李佑一起作恶的人。太宗派遣刑部尚书刘德威前往审查，事情大多得到证实，下诏让李佑和权万纪一同入朝。李佑早已积怨在心，于是和燕弘信的哥哥燕弘亮等人谋划杀死权万纪。权万纪奉诏先行，李佑派遣燕弘亮等二十多名骑兵追赶并射死了他。李佑的党羽一起逼迫韦文振，想让他参与同谋，韦文振不从，骑马跑了几里地，被追上杀死。属官们吓得两腿发抖，磕头伏地，不敢抬头看。李佑于是私自任命上柱国、开府等官职，打开府库赏赐财物，驱赶百姓入城，修缮铠甲兵器、城楼矮墙，设置拓东王、拓西王等官职。官吏百姓抛弃妻子儿女，夜里用绳子吊下城墙逃跑的人接连不断，李佑无法禁止。三月丙辰日，太宗下诏命令兵部尚书李世积等人征调怀、洛、汴、宋、潞、滑、济、郓、海九州的军队讨伐李佑。太宗赐给李佑亲手写的敕书说：“我常常告诫你不要亲近小人，正是为了这个原因啊。”
小主，
李佑召燕弘亮等五人住在自己的卧室里，其余的党羽分别统领士兵，巡视城墙自行守卫。李佑每天夜里都和燕弘亮等人对着妃子宴饮，自以为得志；谈笑之间，谈到官军，燕弘亮等人说：“大王不必担忧！我们右手拿着酒杯，左手为大王挥刀击退他们！”李佑很高兴，认为确实如此。他向各县传发檄文，各县都不肯听从。当时李世积的军队还没到，但青、淄等几个州的军队已经聚集在齐州边境。齐王府兵曹杜行敏等人暗中谋划捉拿李佑，李佑身边以及官吏百姓中没有参与同谋的人无不响应。庚申日夜里，四面鼓声喧哗，声音传到几十里外。李佑的党羽中有住在城外的，众人都合力用刀杀死了他们。李佑询问是什么声音，身边的人欺骗他说：“英公率领飞骑已经登上城墙了。”杜行敏分兵凿开城墙进入，李佑和燕弘亮等人穿着铠甲拿着兵器躲在屋里，关闭房门抵抗，杜行敏等一千多人包围了他们，从早晨到中午，没能攻克。杜行敏对李佑说：“大王从前是皇子，如今却是国贼，不尽快投降，就会被烧成灰烬。”于是下令堆积柴草，想要焚烧房屋。李佑从窗户里对杜行敏说：“我立即打开房门，只担心燕弘亮兄弟会死。”杜行敏说：“一定会保全他们的性命。”李佑等人于是出来投降。有人挖出燕弘亮的眼睛，把眼珠扔在地上，其余的人都打断了他的大腿后杀死了他。杜行敏捉住李佑，带到牙帐前展示给官吏百姓看，然后把他锁在东厢房，齐州全部平定。乙丑日，太宗下诏命令李世积等人停止用兵。李佑被押送到京城，在内侍省被赐死，同党被诛杀的有四十四人，其余的人都不予追究。
李佑刚开始反叛时，齐州人罗石头当面列举他的罪状，举起长枪上前，想要刺杀他，被燕弘亮杀死。李佑率领骑兵攻打高村，村民高君状远远地责备李佑说：“主上拿着三尺剑夺取天下，亿万百姓蒙受恩德，敬仰他如同敬仰上天。大王突然驱赶城中几百人想要发动叛乱，侵犯君主父亲，这和用一只手摇动泰山没有区别，为什么如此不自量力！”李佑下令攻打他，俘虏了他，却因为惭愧而没有杀他。太宗下诏追赠罗石头为亳州刺史，任命高君状为榆社县令，任命杜行敏为巴州刺史，封南阳郡公；参与谋划捉拿李佑的人，根据功劳大小分别给予官职和赏赐。
太宗查阅李佑家中的文书疏奏，得到记室郏城人孙处约的劝谏书，赞叹不已，多次提拔他，最终任命他为中书舍人。庚午日，追赠权万纪为齐州都督，赐爵武都郡公，谥号为敬；追赠韦文振为左武卫将军，赐爵襄阳县公。
起初，太子李承乾喜爱声色和打猎，所作所为奢侈靡费，害怕太宗知道，在宫中大臣面前常常谈论忠孝之道，有时甚至流下眼泪，退回到宫中后，就和身边的小人亲昵狎玩。宫中大臣有想要劝谏的，太子先揣摩出他们的心意，就主动迎接拜见，表情严肃地正襟危坐，引咎自责，言辞敏捷善辩，让宫中大臣来不及应答。宫中的秘密，外人无从知晓，所以当时的舆论起初都称赞他贤明。
太子制作了八尺高的铜炉、六个格子的大鼎，招募逃亡的奴仆偷盗民间的马牛，亲自到场烹煮，和自己宠爱的仆役一起吃。又喜欢模仿突厥人的语言和服饰，挑选身边相貌像突厥人的五个人组成一个部落，梳着辫子、穿着羊皮衣牧羊，制作五个狼头大旗和幡旗，设置穹庐，太子自己住在里面，把羊聚集起来烹煮，拔出佩刀割肉互相吃。还曾经对身边的人说：“我试着扮演可汗死了，你们模仿突厥的丧仪。”于是直挺挺地躺在地上，众人都大声哭号，骑马绕着他转圈，用刀割破脸。过了很久，太子站起来说：“有朝一日我拥有天下，就要率领几万骑兵在金城西边打猎，然后解开头发做突厥人，投靠思摩，如果能担任一个设，一定不会落在别人后面。”
左庶子于志宁、右庶子孔颖达多次劝谏太子，太宗赞赏他们，赏赐给二人金银绢帛，以劝勉太子，还升任于志宁为詹事。于志宁和左庶子张玄素多次上书极力劝谏，太子暗中派人去杀他们，没有成功。
汉王李元昌的所作所为大多不合法度，太宗多次谴责他，因此他心怀怨恨。太子和他关系亲密，朝夕一起游戏，把身边的人分成两队，太子和李元昌各自统领一队，穿着毡甲，拿着长矛，布阵大声呼喊交战，互相攻击刺杀直到流血，以此为乐。有不服从命令的，就把他绑在树上鞭打，甚至有被打死的。太子还说：“如果我今天做天子，明天就在宫苑中设置万人营，和汉王分别统领，观看他们交战，难道不快乐吗！”又说：“我做天子后，要尽情放纵欲望，有劝谏的就杀掉，不过杀几百人，众人自然就安定了。”
魏王李泰多才多艺，受到太宗宠爱，他看到太子有脚疾，暗中萌生了夺取嫡位的志向，于是放下身份礼遇士人以谋求声誉。太宗命黄门侍郎韦挺代理魏王府事务，后来又命工部尚书杜楚客接替他，二人都为李泰拉拢朝中官员。杜楚客有时怀揣黄金贿赂权贵，趁机劝说他们魏王聪明，适合做皇位继承人；文武大臣纷纷依附投靠，暗中结成朋党。太子害怕李泰的逼迫，派人假装成魏王府典签上奏密封奏章，里面全是告发李泰的罪状，太宗下令追捕此人，没有抓到。
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太子私下宠爱太常寺的乐童称心，和他同睡同起。道士秦英、韦灵符凭借旁门左道，得到太子的宠幸。太宗听说后，大怒，将称心等人全部逮捕处死，受牵连被处死的有好几人，还严厉斥责了太子。太子认为是李泰告发的，怨恨更深，始终思念称心，在宫中建造房间，竖立称心的画像，早晚祭奠，徘徊流泪。又在宫苑中为称心修建坟墓，私下追赠官职并立碑。太宗心里渐渐对太子不满，太子也知道这一点，常常称病不上朝，有时长达数月；他还暗中豢养刺客纥干承基等人以及一百多名壮士，图谋杀死魏王李泰。
吏部尚书侯君集的女婿贺兰楚石担任东宫千牛卫，太子知道侯君集心怀怨恨，多次让贺兰楚石带侯君集进入东宫，向他询问保全自己的办法。侯君集认为太子昏庸无能，想趁机图谋不轨，于是劝说太子谋反，举起手对太子说：“这双好手，会为殿下效力。”又说：“魏王受到皇上宠爱，恐怕殿下会有杨勇那样被废黜的灾祸，如果皇上有敕令召见你，应当暗中做好防备。”太子深表赞同。太子用重金贿赂侯君集以及左屯卫中郎将顿丘人李安俨，让他们窥探太宗的心意，一举一动都告知自己。李安俨先前侍奉隐太子李建成，李建成失败时，李安俨曾为他奋力作战，太宗认为他忠诚，所以亲近信任他，让他掌管宿卫。李安俨于是深深依附太子。
汉王李元昌也劝说太子谋反，并且说：“近来看到皇上身边有位美人，擅长弹琵琶，事成之后，希望能把她赏赐给我。”太子答应了。洋州刺史开化公赵节，是赵慈景的儿子，母亲是长广公主；驸马都尉杜荷，是杜如晦的儿子，娶城阳公主为妻；二人都受到太子的亲近，参与了谋反计划。所有同谋者都割破手臂，用绢帛擦拭血迹，将血灰混在酒中喝下，发誓同生共死，暗中谋划率领军队攻入西宫。杜荷对太子说：“天象有变化，应当迅速起兵响应，殿下只需声称突发重病病危，皇上一定会亲自前来探望，趁机就能实现图谋。”太子听说齐王李佑在齐州谋反，对纥干承基等人说：“我东宫的西墙，距离皇宫只有二十步罢了，我和你们干大事，哪里比得上齐王！”恰逢审理李佑谋反案，牵连到纥干承基，纥干承基被关押在大理寺监狱，判处死刑。