当初，广城君郭槐因为贾后没有儿子，经常劝贾后要疼爱太子。贾谧骄横放纵，多次对太子无礼，郭槐总是严厉斥责他。郭槐想让韩寿的女儿嫁给太子，太子也想通过和韩家联姻来巩固自己的地位。但韩寿的妻子贾午和贾后都不同意，反而给太子聘了王衍的小女儿。太子听说王衍的大女儿很漂亮，却被贾后许配给了贾谧，心里很不满，还为此抱怨过。郭槐病重时，临终前拉着贾后的手，让她一定要好好对待太子，说得非常恳切。她还说：“赵粲和贾午一定会把你的事情搞乱，我死后，别再让她们进宫，一定要记住我的话！”但贾后根本不听，反而和赵粲、贾午一起谋划着害太子。
太子小时候有很好的名声，长大之后却不爱学习，只知道和身边的人玩乐。贾后又让宦官们引诱太子追求奢侈、变得残暴，从此太子的名声越来越差，也越来越骄横。他有时候不去上朝，只顾着游玩，还在宫里模仿集市，让人杀猪卖酒，他自己掂量重量，竟然一点不差。这是因为他的生母出身屠户，所以太子才有这样的喜好。东宫每月有五十万钱的俸禄，太子经常提前支取两个月的，还是不够花。他还让人在西园卖葵菜、蓝子、鸡、面粉等东西赚钱。太子还迷信阴阳风水、占卜之类的小术，做事有很多顾忌。太子洗马江统上书提了五条建议：“第一，就算有点小病，也应该坚持上朝；第二，要经常拜见老师，请教为善之道；第三，宫里画画之类的事情可以先减少，后花园里雕刻之类的杂役都应该停掉；第四，在西园卖菜之类的行为，有损皇家体面，会败坏名声；第五，修补房屋不必太顾忌那些小忌讳。”但太子一条都没听进去。
中舍人杜锡担心太子保不住储君之位，每次都忠心劝谏，劝太子修养品德、做好学业，保住好名声，话说得非常恳切。太子被他烦得不行，就在杜锡常坐的毡子下面藏了根针，把杜锡扎得流血。杜锡是杜预的儿子。
太子性格刚烈，他知道贾谧仗着贾后的宠爱骄横跋扈，根本不给他面子。贾谧当时担任侍中，他去东宫的时候，太子有时候直接把他丢在后院自己玩去了。詹事裴权劝太子：“贾谧是贾后宠爱的人，一旦他在贾后面前说坏话，那可就危险了。”太子不听。贾谧就在贾后面前诬陷太子：“太子私下攒了很多钱，还结交了不少小人，就是为了对付贾氏家族。要是皇帝去世，太子当了皇帝，肯定会像当年杨家那样，把我们都杀了，再把您废到金墉城，这对他来说易如反掌。不如早点想办法，换个听话的太子，这样您才能安全。”贾后听进去了，就到处宣扬太子的缺点。她还假装怀孕，在肚子里塞草团，准备好生产用具，把妹夫韩寿的儿子韩慰祖抱来抚养，打算用他取代太子。
当时朝廷内外都知道贾后想害太子，中护军赵俊劝太子先下手为强，废掉贾后，但太子没听。左卫率刘卞是东平人，他去问张华贾后是不是有谋害太子的阴谋，张华说：“没听说。”刘卞说：“我从须昌的一个小官吏，承蒙您提拔才有今天。士人懂得报答知己，所以我才跟您说实话，您怎么还怀疑我呢？”张华问：“就算真有这事，你打算怎么办？”刘卞说：“东宫有很多有才能的人，还有一万精兵；您是朝廷重臣，如果您支持，太子可以借着上朝的机会掌管尚书事务，把贾后废到金墉城，这只需要两个宦官就能办到。”张华说：“现在皇帝在位，太子是皇帝的儿子，我又没有辅佐大臣的权力，突然一起做这种事，这是目无君父，还会让天下人觉得太子不孝。就算事情成功了，我们也难免获罪。况且朝廷里到处都是有权有势的人，权力分散，怎么能保证一定成功呢？”贾后经常派亲信微服私访，刺探消息，听说了刘卞的话，就把他贬为雍州刺史。刘卞知道自己的话泄露了，就喝毒药自杀了。
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十二月
太子的长子司马虨生病了，太子想为他请求封王，皇帝没答应。司马虨病得很重，太子就为他祈祷求福。贾后听说后，就假称皇帝生病了，把太子召进皇宫。太子到了之后，贾后不见他，把他安置在别的房间，派婢女陈舞传皇帝的命令，赐给太子三升酒，让他一口气喝完。太子推辞说喝不了这么多，陈舞就逼他：“你这是不孝吗？皇帝赐的酒都不喝，难道怀疑酒里有毒？”太子没办法，勉强喝完，结果喝得大醉。贾后让黄门侍郎潘岳写了一封信的草稿，派小婢女承福拿着纸笔和草稿，趁太子喝醉的时候，假称皇帝诏令，让太子抄写。信里写着：“陛下应该自行了断，如果不这么做，我就会动手。皇后也应该赶紧自行了断，不然我就亲自下手。我还和谢妃约定好了，到时候两边一起行动，不要犹豫，免得留下后患。我在日月星辰下发誓，皇天会保佑我扫除祸患，立司马道文（太子长子）为王，让蒋氏当皇后。如果心愿达成，我会用牛羊猪三牲祭祀北君。”太子醉得迷迷糊糊，就照着抄了，有些字没写完，贾后又补全，然后把信呈给皇帝。
十二月三十日
晋惠帝来到式乾殿，召集公卿大臣入宫。黄门令董猛拿出太子写的信和青纸诏书，对众人说：“司马遹写了这样的信，现在赐他死罪。”这封信在王公大臣间传阅，却没人敢说话。张华站出来说：“废太子可是大祸啊！自古以来，因为废除嫡长子引发国家动乱的例子太多了。而且咱们晋朝建国没多久，陛下一定要慎重考虑！”裴頠也建议，应该先查查传信的人，再对比太子平时的笔迹，不然很可能是伪造的。贾后一听，立刻拿出太子以前写的十几份奏折，让众人对比，大家看了之后，也不敢说信是假的。
贾后让董猛假传长广公主的话，对皇帝说：“这事得赶紧做决定，大臣们意见不一，谁不服从诏令，就按军法处置！”大臣们从白天讨论到傍晚，还是没结果。贾后见张华等人态度坚决，怕事情闹大，就退了一步，提议把太子贬为平民，皇帝同意了。随后，尚书和郁等人拿着符节去东宫，宣布废除太子。司马遹换上平民衣服，拜谢接旨，步行走出承华门，坐上简陋的牛车。车骑将军司马澹带兵，把太子、太子妃王氏，还有三个儿子司马虨、司马臧、司马尚，一起囚禁到金墉城。太子妃的父亲王衍赶紧上表，请求女儿和太子离婚，皇帝批准了，太子妃哭着回了娘家。贾后还杀了太子的生母谢淑媛，以及司马虨的生母蒋俊。
永康元年（公元300年）
春季，正月初一
晋惠帝大赦天下，改年号为永康。
西戎校尉司马阎缵抬着棺材到皇宫上书，说：“当年汉朝戾太子起兵反抗，还有人说他罪不至死，顶多挨顿打。现在司马遹被定罪时，一直规规矩矩，罪过比戾太子小多了。陛下应该重新选个好老师，好好教导他，如果实在教不好，再放弃也不迟。”可惜这封信送上去后，皇帝根本没当回事。司马阎缵是司马圃的孙子。
贾后又让人冒充宦官自首，说曾和太子一起谋反。皇帝把这份供词发给公卿大臣看，还派司马澹带一千士兵，把太子转移到许昌宫囚禁起来，让御史刘振拿着符节看守，并下令太子的属官不许送行。太子洗马江统、潘滔，舍人王敦、杜蕤、鲁瑶等人，不顾禁令，跑到伊水边上，哭着和太子告别。司隶校尉满奋把这些人抓起来关进监狱。关在河南狱的人，被乐广悄悄放走了；关在洛阳县狱的还没放。都官从事孙琰劝贾谧：“咱们废太子，就是说他有罪。现在他的属官冒着风险送别，如果重罚他们，这事传出去，反而显得太子有德。不如放了他们。”贾谧听了，让洛阳县令曹摅放人，乐广也没被追究责任。太子到许昌后，给太子妃写信，说自己被冤枉了，但太子妃的父亲王衍害怕惹事，没敢把信上报。
正月十四日，太子的长子司马虨去世。
三月，尉氏县下了血雨，南方出现妖星，太白金星大白天出现，中台星分裂。张华的小儿子张韪劝父亲辞职避祸，张华却不同意：“天道变化莫测，不如静观其变。”
太子被废后，很多人都愤愤不平。卫督司马雅、常从督许超以前在东宫当差，他们和殿中郎士猗等人商量，想废掉贾后，让太子复位。但他们觉得张华、裴頠只想保住官位，不好合作；右军将军赵王司马伦掌握兵权，又贪图利益，可以利用他成事。于是，他们找到孙秀说：“贾后凶狠善妒，和贾谧一起冤枉太子。现在国家没有嫡子继承，眼看就要大乱。大臣们肯定要行动起来，您一直被认为是贾后的亲信，太子被废，大家都说您早知道这事。一旦有人起事，您肯定会被牵连，不如先下手为强！”孙秀答应了，把这事告诉司马伦，司马伦也同意，还联系了通事令史张林、省事张衡等人做内应。
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计划要实施时，孙秀又对司马伦说：“太子聪明强硬，如果复位，肯定不会听我们的。您以前和贾后走得近，人尽皆知。就算我们帮太子复位，他也只会觉得您是迫于压力才这么做，不会感激您，说不定还会记仇。不如拖延时间，等贾后杀了太子，我们再以报仇为名废掉贾后，这样不仅能免祸，还能大权在握！”司马伦觉得有道理。
孙秀派人散布谣言，说宫里有人想废贾后、迎太子。贾后经常派宫女扮成百姓打听消息，听到这些传闻后非常害怕。司马伦和孙秀趁机劝贾谧，赶紧杀了太子，断了大家的念想。三月二十七日，贾后让太医令程据配制毒药，又假传圣旨，派黄门孙虑去许昌给太子下毒。自从被废，太子一直担心被下毒，吃饭都自己动手做饭。孙虑把情况告诉刘振，刘振就把太子赶到小房间，断了他的饮食。宫女们可怜太子，偷偷从墙上递食物给他。孙虑见软的不行，就拿着药杵逼太子喝毒药，太子不肯，最后被孙虑活活打死。有关部门建议用平民礼仪下葬，贾后却上表，要求按广陵王的规格安葬。
夏季，四月初一
发生日食。
赵王司马伦和孙秀准备讨伐贾后，他们联系了右卫佽飞督闾和，闾和答应一起行动，约定在四月初三夜里，以鼓声为号。初三这天，孙秀派司马雅去告诉张华：“赵王想和您一起挽救国家，为民除害，派我来知会您一声。”张华拒绝了。司马雅生气地说：“刀都快架脖子上了，还说这种话！”扭头就走。到了约定时间，司马伦假传圣旨，对三部司马说：“贾后和贾谧杀了太子，现在我奉诏废了贾后，你们都得听令！事成之后，封关中侯；敢违抗的，灭三族！”众人纷纷响应。司马伦又假传圣旨打开宫门，连夜带兵进宫，在道南列阵。他派翊军校尉齐王司马冏带一百人闯入皇宫，华林令骆休做内应，把晋惠帝接到东堂。司马伦以皇帝名义召贾谧到殿前，当场斩杀。贾谧临死前跑到西钟下面大喊：“皇后救我！”
贾后看到司马冏带兵闯入，大惊失色：“你来干什么？”司马冏说：“奉诏抓你！”贾后还嘴硬：“诏书应该由我发布，哪来的诏书？”被押到上阁时，她远远朝皇帝喊：“陛下，您的皇后被人废了，您自己离倒霉也不远了！”当时，梁王司马肜也参与了密谋，贾后问司马冏：“是谁带头造反的？”司马冏说：“梁王和赵王。”贾后气得大骂：“拴狗要拴脖子，你们却拴尾巴，能不出事吗！”就这样，贾后被废为平民，囚禁在建始殿，赵粲、贾午等人被抓进暴室严刑拷打致死。皇帝又下诏，让尚书逮捕贾氏党羽，召中书监、侍中、黄门侍郎等官员连夜入宫。尚书一开始怀疑诏书是假的，郎官师景甚至公开上奏，要求看皇帝亲笔诏书，司马伦直接把他杀了示众。
司马伦和孙秀私下谋划篡位，想先除掉那些有声望的大臣，顺便报往日仇怨。他们在殿前抓捕了张华、裴頠、解系、解结等人。张华质问张林：“你要谋害忠臣吗？”张林拿着诏书反问：“你身为宰相，太子被废时，为什么不以死明志？”张华说：“在式乾殿讨论时，我提的谏言都有记录，可以查证！”张林又问：“劝了不听，为什么不辞职？”张华无言以对。最终，这些人都被斩杀，还被灭了三族。解结的女儿已经许配给裴家，本来第二天就要出嫁，大祸突然临头。裴家想救她，她却说：“家族都这样了，我活着还有什么意思！”也被牵连致死。从这以后，朝廷商议修改制度，规定女子不再因父族获罪连坐。