辛酉日，朝廷任命郑畋为京城四面诸军行营都统。皇帝赐给郑畋的诏书说：“凡是蕃、汉将士中，出兵援救朝廷立下功劳的，都允许你用墨敕授予他们官职。”郑畋上奏，举荐泾原节度使程宗楚为副都统，前朔方节度使唐弘夫为行军司马。黄巢派遣部将尚让、王播率领五万大军进犯凤翔，郑畋命唐弘夫在险要之地设下伏兵，自己亲自率领数千名士兵，在高冈上竖起许多旗帜，布下稀疏的兵阵。贼军认为郑畋是一介书生，根本不把他放在眼里，擂鼓呐喊着向前推进，士兵们乱作一团，毫无队形。这时伏兵突然杀出，在龙尾陂大败贼军，斩杀两万多人，战场上的尸体绵延数十里。
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有人在尚书省的大门上写诗嘲讽贼军，尚让得知后勃然大怒，下令将当时在尚书省任职的官员以及守门的士兵全部抓起来，挖掉眼睛，倒吊在门上。他还在城中大肆搜捕能写诗的人，抓到后全部处死；对于只是认识字的人，则罚他们去做贱役。这一次，一共杀害了三千多人。
瞿稹、李友金抵达代州后，开始招募士兵，仅仅十天就招募了三万人，这些士兵都是北方的各少数民族胡人，他们屯驻在崞县以西，生性粗犷彪悍，蛮横残暴，瞿稹和李友金都无法约束他们。李友金于是向陈景思建议说：“如今我们虽然已经拥有数万兵马，但如果没有一位威望卓着的将领统领，终究难以成就功业。我的兄长李国昌父子，勇猛善战，谋略过人，深受部众的信服。您如果能上奏天子，赦免他们的罪过，征召他们前来担任统帅，那么代北的兵马必然会一呼百应，平定狂贼也就不在话下了！”陈景思认为他说得有道理，于是派遣使者前往皇帝所在的行营，向皇帝奏请此事，皇帝批准了陈景思的请求。李友金亲自率领五百名骑兵，携带皇帝的诏书前往鞑靼，迎接李国昌父子。李克用随即率领鞑靼各部族的一万名兵马，赶赴代州。
跟随皇帝车驾的群臣，渐渐都集结到了成都，南衙和北司的官员加起来有将近两百人。各路藩镇以及四方的少数民族，都不断地向成都进贡物资，蜀中的府库储备充足，与京城长安没有什么两样。朝廷对将士的赏赐也从未短缺，士兵们都欢欣鼓舞。
黄巢抓获了王徽，逼迫他出任官职，王徽假装哑巴，拒不从命。过了一个多月，王徽趁机逃出长安，投奔河中，还派遣使者从小路前往成都，向皇帝献上用绸缎写的奏表。皇帝下诏任命王徽为兵部尚书。
前夏绥节度使诸葛爽，再次从河阳派人向朝廷献上奏表，请求归顺唐朝，朝廷当即任命他为河阳节度使。
宥州刺史拓跋思恭，原本是党项羌族的人，他召集夷族和汉族的士兵，在鄜州与鄜延节度使李孝昌会师，一同结盟讨伐贼军。奉天镇使齐克俭派遣使者拜见郑畋，请求率军为国效力。甲子日，郑畋向天下各藩镇发布檄文，号召他们集结军队，讨伐黄巢。当时皇帝远在蜀地，朝廷的诏令无法顺畅传达，天下人都以为唐朝再也无法振兴；等到看到郑畋的檄文后，各藩镇都争相发兵响应。黄巢得知后，心生畏惧，再也不敢派兵向西进犯京城以西的地区。
夏季，四月初一，朝廷加封王铎兼侍中。
任命拓跋思恭暂代夏绥节度使。
黄巢任命部将王玫为邠宁节度使，邠州通塞镇将朱玫起兵诛杀了王玫，推举偏将李重古为邠宁节度使，自己则率领军队讨伐黄巢。当时，唐弘夫率军屯驻在渭北，王重荣屯驻在沙苑，王处存屯驻在渭桥，拓跋思恭屯驻在武功，郑畋屯驻在盩厔。唐弘夫凭借龙尾陂大捷的余威，率军逼近长安。
官军听闻黄巢率军向东撤走，程宗楚率先率军从延秋门攻入长安，唐弘夫随后赶到，王处存率领五千精锐士兵连夜入城。坊市的百姓欣喜不已，争相欢呼着出城迎接官军，有的人用瓦砾击打贼兵，有的人捡拾箭矢供给官军。程宗楚等人担心其他将领分走功劳，没有向凤翔、鄜夏的军队通报消息，手下的士兵们也都放下兵器，闯入民宅，劫掠金银布帛和歌姬美妾。王处存下令让士兵们在头上系上白色毛巾作为标识，坊市中的少年有人趁机盗用这种标识，在城中劫掠百姓。黄巢的军队露宿在霸上，打探到官军军纪混乱，而且各路援军没有及时跟进，于是率军回师突袭长安，从各个城门分头攻入城中，与官军在长安城内展开激战，程宗楚、唐弘夫战死，官军士兵因为身上背着劫掠来的财物，无法快速逃跑，因此惨败，阵亡人数达到十分之八九。王处存收拢残余部众，退回营寨。丁亥日，黄巢再次攻入长安，怨恨百姓帮助官军，于是纵容士兵大肆屠杀，鲜血流淌成河，他将这次暴行称为洗城。经此一役，各路官军都纷纷撤退，贼军的势力越发猖獗。黄巢所任命的同州刺史王溥、华州刺史乔谦、商州刺史宋岩，听说黄巢放弃长安逃走，都率领部众逃往邓州，朱温将王溥、乔谦斩首，赦免了宋岩，让他返回商州驻守。
庚寅日，拓跋思恭、李孝昌率军与贼军在王桥交战，官军失利。
朝廷下诏任命河中留后王重荣为河中节度使。
贼军部众为黄巢奉上尊号，称承天应运启圣睿文宣武皇帝。
有两只野鸡飞到广陵的府衙中栖息，占卜的人认为野鸟飞入官署，是城邑即将化为空城的预兆，高骈对此十分厌恶，于是向四方发布檄文，声称要率军入关讨伐黄巢，征调了自己统辖范围内的八万兵马、两千艘战船，旌旗铠甲十分壮观。五月己未日，高骈率军屯驻在东塘。手下将领们屡次请求确定出兵日期，高骈都以风浪太大、行军受阻为由推脱，有时又说时辰不吉利，始终没有出兵。
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李克用派人送文书给河东节度使郑从谠，声称奉诏率领五万兵马讨伐黄巢，要求河东方面准备好粮草和住宿的驿馆，郑从谠当即紧闭城门，防备李克用。李克用率军屯驻在汾水东岸，郑从谠派人前去犒劳，供给他们粮草物资，李克用却连日按兵不动。李克用亲自来到晋阳城下叫阵，郑从谠登上城楼，向他谢罪。癸亥日，李克用又派人前来请求发放军费和赏赐，郑从谠只好送给他们一千缗钱、一千斛米。甲子日，李克用纵容沙陀士兵劫掠河东的百姓，晋阳城中的百姓大为恐慌。郑从谠只好向振武节度使契苾璋求救，契苾璋率领突厥、吐谷浑的兵马赶来援救，攻破了沙陀军的两座营寨，李克用率军追击到晋阳城南，契苾璋率军冲入城中据守，沙陀军只好劫掠阳曲、榆次两地后返回。
黄巢攻克长安时，忠武节度使周岌向他投降。周岌曾经在夜间设宴，紧急召见监军杨复光，身边的人劝阻说：“周将军已经向贼寇称臣，这次召见恐怕会对您不利，不能前去。”杨复光说：“如今事态已经到了这个地步，为了忠义，我不能只顾保全自己。”随即前往赴宴。酒酣之际，周岌谈起唐朝的旧事，杨复光忍不住潸然泪下，过了许久才说：“大丈夫所感念的，不过是恩义二字！您从一介平民做到公侯的高位，怎能舍弃传承十八代的天子，而去向贼寇称臣呢！”周岌也流着泪说：“我无力独自抵御贼寇，所以才表面上归顺，心里却在谋划复兴大计。今天召您前来，正是为了这件事。”于是二人歃血为盟。当天夜里，杨复光派遣自己的养子杨守亮，在驿站中斩杀了黄巢的使者。
当时秦宗权占据蔡州，不听从周岌的号令，杨复光率领三千名忠武军士兵前往蔡州，劝说秦宗权一同出兵讨伐黄巢。秦宗权派遣部将王淑率领三千兵马，跟随杨复光攻打邓州，王淑却逗留不前，杨复光将他斩首，吞并了他的军队，又将八千名忠武军士兵分成八个都，派遣牙将鹿晏弘、晋晖、王建、韩建、张造、李师泰、庞从等八人分别统领。王建是舞阳人，韩建是长社人，鹿晏弘、晋晖、张造、李师泰都是许州人。杨复光率领这八个都的兵马，与朱温展开激战，大败朱温，随即攻克邓州，又率军追击败逃的贼军，一直追到蓝桥才收兵返回。
昭义节度使高浔会同王重荣攻打华州，将华州攻克。六月戊戌日，朝廷任命郑畋为司空兼门下侍郎、同平章事，依旧担任京城四面诸军行营都统。
李克用的军队遭遇大雨，己亥日，率军向北撤退，途中攻陷忻州、代州，于是率军留驻代州。郑从谠派遣教练使论安等人率军驻守百井，防备李克用。邠宁节度副使朱玫率军屯驻兴平，黄巢的部将王播率军围攻兴平，朱玫只好率军撤退，屯驻在奉天和龙尾陂。
西川黄头军使李铤率领一万兵马，巩咸率领五千兵马屯驻兴平，设立两座营寨，与黄巢的军队交战，屡次获胜。陈敬瑄派遣神机营使高仁厚率领两千兵马，前去增援李铤、巩咸。
秋季七月丁巳日，朝廷改元中和，大赦天下。
庚申日，朝廷任命翰林学士承旨、兵部侍郎韦昭度为同平章事。
论安擅自率军从百井返回晋阳，郑从谠来不及换下朝靴官服，就下令将论安斩首，还诛灭了他的家族。随后重新派遣都头温汉臣率军驻守百井。契苾璋率领兵马返回振武。
起初，皇帝的车驾抵达成都时，赏赐给蜀军每名士兵三缗钱。田令孜担任行在都指挥处置使，每当四方进贡的金银布帛运到成都，他就用来赏赐跟随皇帝的各路军队，月月如此，再也没有赏赐过蜀军，蜀军士兵颇有怨言。丙寅日，田令孜设宴款待蜀军和外来军队的都头，他手持金杯向众人敬酒，随后将金杯赏赐给他们，各位都头都跪地叩拜，接受赏赐，只有西川黄头军使郭琪不肯接受，他站起身说：“各位将领每月都能领到丰厚的俸禄，绰绰有余，时常想着难以报答朝廷的恩德，岂敢贪得无厌！只是蜀军与各路军队一同担任宿卫之职，赏赐却如此悬殊，士兵们心中多有不满，恐怕万一引发兵变。希望您能减少对各位将领的赏赐，用来均分给蜀军，让本土军队和外来军队待遇一致，这样上下都会感到庆幸！”田令孜沉默了片刻，问道：“你曾经立下过什么功劳？”郭琪回答说：“我生长在崤山以东，常年征战戍守边疆，曾经与党项人交战十七次，与契丹人交战十多次，浑身都是金疮疤痕。我还曾征讨吐谷浑，被敌人刺伤肋骨，肠子都流了出来，用线缝合伤口后，又继续作战。”田令孜于是让人在另一个酒杯中斟酒，赐给郭琪。郭琪知道酒中有毒，但迫不得已，只好再次叩拜，将酒喝下。回到家中后，郭琪杀死一名婢女，吸吮她的血液来解毒，吐出几升黑色的汁液，随即率领部下发动叛乱。丁卯日，叛军在成都坊市中大肆焚烧劫掠。田令孜侍奉皇帝退守东城，紧闭城门，登上城楼，下令各路军队出兵平叛。郭琪率领军队返回营寨，陈敬瑄命令都押牙安金山率军攻打郭琪的营寨，郭琪趁夜突围而出，逃往广都，跟随他的士兵全部溃散，只有一名厅吏跟在身边，二人在江边休息。郭琪对厅吏说：“陈公知道我是无罪的，但如今军府遭受惊扰，不能不做出处置来安抚人心。你侍奉我能做到有始有终，现在我有办法报答你。你拿着我的官印和佩剑去拜见陈公，对他说：‘郭琪渡过江水逃走，我用佩剑刺中了他，他坠入江中，尸体已经顺着湍急的江水漂走了。我把他的官印和佩剑带回来献给您。’陈公一定会相信你的话，还会将官印和佩剑悬挂在街市上示众，来安定人心。你也会得到丰厚的赏赐，我的家人也能得以保全。我从此前往广陵，投奔高公，几天后，你可以悄悄地把我的下落告诉我的家人。”说完，郭琪解下官印和佩剑交给厅吏，然后换上平民的衣服，顺着江水向东逃走。厅吏按照郭琪的吩咐去做，陈敬瑄果然没有追究郭琪的家人。
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皇帝日夜只与宦官待在一起，商议天下大事，对待朝中的大臣却十分疏远冷淡。庚午日，左拾遗孟昭图上奏疏说：“在天下太平的年代，朝野上下尚且应该同心同德；如今国家多难，朝廷内外更应当团结一心。去年冬天，陛下的车驾向西巡幸，没有告知南衙的宰相百官，导致宰相、仆射以下的官员全部被贼寇屠杀，只有北司的宦官安然无恙。况且如今赶到行在的朝臣，都是冒着生命危险，历经崎岖艰险，远道而来侍奉陛下，陛下从此应当与他们休戚与共。臣看到前几天黄头军发动叛乱时，陛下只与田令孜、陈敬瑄以及几位宦官闭门登楼，没有召见王铎以下的朝臣，也没有让他们入城避险。第二天，陛下又没有召见宰相议事，也没有安抚朝臣。臣忝居谏官之位，到现在还不知道陛下的圣体是否安康，更何况是那些地位疏远的臣子呢！倘若群臣不顾念君主，其罪固然当诛；但如果陛下不顾恤群臣，这在道义上又怎么说得过去呢！天下是高祖、太宗开创的天下，不是北司宦官的天下；天子是四海九州的天子，不是北司宦官的天子。北司的宦官未必全都值得信任，南衙的朝臣也未必全都毫无用处。怎能让天子与宰相毫无关联，将朝臣都视作路人呢！长此以往，恐怕收复京城的日子，还需要陛下费心操劳，而那些尸位素餐的人，却能安享太平。臣蒙受陛下的宠信荣耀，职责就是为朝廷匡正补益，虽然已经发生的事情无法劝谏，但未来的事情还来得及补救。”奏疏呈上后，被田令孜扣留下来，没有禀报给皇帝。辛未日，田令孜伪造诏书，将孟昭图贬为嘉州司户，又派人在蟆颐津将他沉入江中淹死，朝中大臣听闻此事后，都悲愤不已，却没有人敢站出来说话。
鄜延节度使李孝昌、暂代夏州节度使拓跋思恭率军屯驻东渭桥，黄巢派遣朱温率军抵御。朝廷任命义武节度使王处存为东南面行营招讨使，任命邠宁节度副使朱玫为邠宁节度使。
八月己丑日夜，夜空中流星密集交错，如同编织的丝线，有的流星大如酒杯，这种景象一直持续到丁酉日才停止。
武宁节度使支详派遣牙将时溥、陈璠率领五千兵马入关，讨伐黄巢，这两个人都是支详一手提拔起来的。时溥率军行至东都洛阳时，伪造支详的命令，召集军队返回，与陈璠合兵一处，在河阴展开屠杀，又劫掠郑州后向东撤军。等他们率军抵达彭城时，支详出城迎接慰劳，犒赏十分丰厚。时溥派遣亲信去劝说支详：“现在军心躁动，众人都在逼迫我，恳请您交出节度使的印信，将兵权授予我。”支详无力控制局面，只好搬出节度使府，居住在大彭馆中，时溥于是擅自执掌武宁军的留后事务。陈璠对时溥说：“支仆射对徐州的百姓有恩惠，如果不杀掉他，将来必定会留下后患。”时溥没有同意，派人护送支详返回京城。陈璠在七里亭埋下伏兵，将支详及其家属全部杀害。朝廷下诏任命时溥为武宁留后。时溥又上表举荐陈璠为宿州刺史，陈璠到任后贪婪暴虐，时溥派遣都将张友接替他的职位，将他召回后处死。
杨复光上奏朝廷，请求将蔡州升格为奉国军，任命秦宗权为奉国军防御使。寿州的屠夫王绪与妹夫刘行全聚集五百名部众，攻占寿州，一个多月后，又攻陷光州，王绪自称将军，麾下拥有一万多名部众。秦宗权上表朝廷，举荐王绪为光州刺史。固始县佐王潮与弟弟王审邽、王审知都因为才华和气魄而闻名，王绪任命王潮为军正，让他掌管粮草，检阅士兵，对他十分信任重用。
高浔与黄巢的部将李详在石桥交战，高浔战败，逃往河中，李详乘胜进军，再次攻取华州。黄巢任命李详为华州刺史。
朝廷任命暂代夏绥节度使的拓跋思恭为正式的夏绥节度使。
宗正少卿嗣曹王李龟年从南诏返回唐朝，南诏骠信呈上奏表，表示愿意诚心归附，请求完全遵从唐朝的诏令。
九月，李孝昌、拓跋思恭率军与尚让、朱温在东渭桥交战，官军失利，率军撤退。
起初，高骈与镇海节度使周宝都出身于神策军，高骈把周宝当作兄长来侍奉。等到高骈先一步显贵立功后，就逐渐轻视周宝。后来两人的辖地相邻，屡次因为一些小事发生争执，于是产生了嫌隙。高骈发布檄文，征召周宝率军入关援救京城，周宝整顿水军，等待出兵的命令，却奇怪高骈迟迟没有行动。周宝向幕府中的门客询问缘由，有人说：“高公趁着朝廷多灾多难，有吞并江东的野心，他声称要入关援救，实际上未必不是图谋您的地盘！您应当早做防备。”周宝起初并不相信，派人前去打探高骈的动静，发现他果然没有北上出兵的意图。恰逢高骈派人前来邀约周宝，在瓜洲会面商议军务，周宝于是认为门客的话是对的，就以生病为由推辞不去，还对高骈的使者说：“我不是李康，高公又想建立家族功勋来欺骗朝廷吗？”高骈得知后大怒，再次派遣使者前去斥责周宝：“你怎敢轻慢侮辱朝中大臣？”周宝反唇相讥道：“你我隔着长江，同为节度使，你是朝中大臣，难道我就是坊门的卫兵吗！”从此两人结下深仇大恨。