自从司马冏等人起兵，朝廷百官和将士都想杀了司马伦和孙秀。孙秀吓得躲在中书省不敢出门。等听说黄河以北的军队战败，他更是愁得不知如何是好。孙会、许超、士猗等人逃回后，和孙秀商量对策。有人提议收拢残兵继续作战；有人建议烧毁皇宫，杀掉不支持自己的人，挟持司马伦向南投靠孙旗、孟观；还有人想乘船逃到东海，大家争论不休，一直没拿定主意。闰月辛酉日，左卫将军王舆和尚书、广陵公司马漼，率领七百多士兵从南掖门冲进皇宫，禁卫军三部司马在里面接应，他们在中书省杀了孙秀、许超、士猗，接着又处死了孙奇、孙弼和前将军谢惔等人。司马漼是司马伷的儿子。王舆带兵驻守云龙门，把朝廷的高级官员都召集到宫殿里，逼司马伦写诏书，内容是：“我被孙秀误导，惹得三王起兵，现在已经杀了孙秀。应该迎接太上皇（晋惠帝）复位，我告老还乡种地去。”然后派人举着绘有驺虞的旗帜，传令让将士们放下武器。宦官把司马伦从华林东门带出来，他和太子司马荂都被送回汶阳里的住宅。朝廷又派几千士兵到金墉城迎接晋惠帝。百姓们看到这一幕，都欢呼万岁。晋惠帝从端门进入皇宫，登上大殿，群臣纷纷磕头谢罪。晋惠帝下诏，把司马伦、司马荂送到金墉城看管。广平王司马虔从黄河以北返回，走到九曲时，听说局势大变，扔下军队，带着几十个人跑回了家。
闰月癸亥日，晋惠帝大赦天下，改了年号，还下令全国欢庆五天，分别派使者去慰问司马冏、司马颖、司马颙三王。梁王司马肜等人上奏说：“赵王司马伦父子作恶多端、叛逆不道，应该处死。”闰月丁卯日，晋惠帝派尚书袁敞带着符节，赐司马伦自杀，又逮捕了他的儿子司马荂、司马馥、司马虔、司马诩，全部处死。凡是被司马伦任用的官员，都被罢黜免职，朝廷各部门几乎没人留任。这一天，成都王司马颖到达洛阳。闰月己巳日，河间王司马颙也到了。司马颖派赵骧、石超去阳翟帮助司马冏讨伐张泓等人，张泓等人全部投降。从战争开始到结束的六十多天里，战死的人将近十万。张衡、闾和、孙髦在东市被斩首，蔡璜自杀。五月，晋惠帝下令处死了参与篡位的义阳王司马威。襄阳太守宗岱接到司马冏的檄文后，杀了孙旗；永饶冶令空桐机杀了孟观，两人都把首级送到洛阳，他们的三族也都被灭了。晋惠帝还立襄阳王司马尚为皇太孙。
六月乙卯日，齐王司马冏率领大军进入洛阳，把军队驻扎在通章署，几十万士兵威风凛凛，震慑了整个京城。
六月戊辰日，晋惠帝再次大赦天下。
恢复宾徒王司马晏的吴王封号。
六月甲戌日，晋惠帝下诏书，任命司马冏为大司马，赐予九锡（古代帝王赐给诸侯、大臣有殊勋者的九种礼器，是最高礼遇），各种待遇和当年司马懿、司马师、司马昭、司马炎辅佐曹魏时一样；任命司马颖为大将军，都督中外诸军事，赐予黄钺（代表皇帝出征的权力），录尚书事（总揽朝政），也赐予九锡，允许他上朝不用小步快走，还可以带着佩剑、穿着鞋子上殿；任命司马颙为侍中、太尉，赐予“三赐之礼”（一种特殊礼遇）；任命司马乂为抚军大将军，统领左军。晋惠帝还把广陵公司马漼晋封为王，让他兼任尚书，加授侍中；把新野公司马歆晋封为王，任命他为都督荆州诸军事，加授镇南大将军。司马冏、司马颖、司马颙三人的王府，各自设置属官四十人，武官名号一大堆，文官却只是凑数。有见识的人一看就知道，战争还远远没有结束。六月己卯日，晋惠帝任命梁王司马肜为太宰，兼任司徒。
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光禄大夫刘蕃的女儿是司马伦儿子司马荂的妻子，所以刘蕃和他的两个儿子——散骑侍郎刘舆、冠军将军刘琨，都受到司马伦重用。大司马司马冏觉得刘琨父子有才能、有声望，特意赦免了他们，还任命刘舆为中书郎，刘琨为尚书左丞。此外，司马冏又让前司徒王戎担任尚书令，刘暾担任御史中丞，王衍担任河南尹。
新野王司马歆准备去镇守荆州，他和司马冏一起乘车去拜谒皇陵时，劝司马冏说：“成都王司马颖和你是至亲，又一起立下大功，你应该把他留在洛阳一起处理朝政；要是留不住，就把他的兵权夺了。”常山王司马乂和司马颖一起拜谒皇陵时，对司马颖说：“天下是先帝打下的基业，你应该维护正道。”听到这话的人都觉得不安。卢志对司马颖说：“齐王号称有百万大军，和张泓等人僵持都没打赢；大王您直接渡过黄河，立下的功劳独一无二。但现在齐王想和您一起处理朝政。我听说‘一山不容二虎’，您不如借着太妃（司马颖母亲）身体不舒服，请求回去照顾，把朝政大权交给齐王。这样反而能收买人心，这才是上策。”司马颖听从了建议。晋惠帝在东堂接见司马颖，慰劳他。司马颖拜谢说：“这都是大司马司马冏的功劳，我没出什么力。”接着上奏称赞司马冏的功绩，说应该把朝政交给他，还说自己母亲生病，请求回到封国。说完就告辞离开，没回军营，直接去拜谒太庙，然后从东阳城门出城，回邺城去了。他派人给司马冏送信告别，司马冏大吃一惊，赶紧骑马追出来，在七里涧追上了司马颖。司马颖停下车和他告别，哭得稀里哗啦，只说担心母亲的病情，对朝政只字不提。从此，士人和百姓都开始称赞司马颖。
司马冏（jiong）征召了一批人才：新兴人刘殷担任军谘祭酒，洛阳县令曹摅（shū）为记室督，尚书郎江统、阳平太守河内人苟曦参与军事谋划，吴国人张翰任东曹掾（yuàn），孙惠为户曹掾，前廷尉正顾荣和顺阳人王豹当主簿。其中，孙惠是孙贲的曾孙，顾荣是顾雍的孙子。刘殷从小孤苦贫穷，却悉心奉养曾祖母，以孝道闻名。别人送他粮食布帛，他收下也不道谢，只说“等以后富贵了再报答”。他长大后博通经史，性格洒脱有大志，生活俭朴却不寒酸，清正却不孤傲，看似随和却不容侵犯。司马冏还让何勖当中领军，董艾掌管中枢机要，又封葛旟（yú）、路秀、卫毅、刘真、韩泰等有功将领为县公，当作心腹，号称“五公”。
成都王司马颖回到邺城后，朝廷派使者重申之前的任命，他接受大将军职位，却推辞了九锡的特殊礼遇。他上表论功行赏，将兴义功臣都封为公侯，还说：“大司马之前在阳翟与敌军相持太久，百姓困苦，请求调拨河北邸阁的十五万斛米赈济阳翟饥民。”他命人制造八千多口棺材，用成都国的俸禄置备衣物，收敛祭祀黄桥战役的阵亡士兵，表彰他们的家属，赏赐比普通战亡者高出二等，还下令在温县埋葬赵王伦的一万四千多名战死士兵，这些都是卢志的谋划。司马颖外表俊美但头脑糊涂，不爱读书，不过性格敦厚，把事务交给卢志处理，所以能成就美名。朝廷再次派使者请他入朝辅政并接受九锡，可他的宠臣孟玖不想回洛阳，程太妃又贪恋邺城，他最终还是推辞了。
当初，大司马司马冏怀疑中书郎陆机为赵王伦撰写禅让诏书，将他逮捕想处死。大将军司马颖为他辩解，才得以免死，还上表推荐他当平原内史，弟弟陆云为清河内史。陆机的朋友顾荣和广陵人戴渊觉得中原战乱频发，劝他回吴地，可他感念司马颖的救命之恩，又觉得司马颖有威望，能一起建功，就留了下来。
秋季七月，朝廷恢复常山王司马乂的长沙王爵位，升为开府、骠骑将军。东莱王司马蕤（ruí）凶狠残暴，酗酒成性，多次侮辱司马冏，又因求开府没得到而怨恨，便密奏司马冏专权，还和左卫将军王舆谋划废黜他。事情败露后，八月，朝廷下诏将司马蕤贬为庶人，诛杀王舆三族，把司马蕤流放到上庸，上庸内史陈钟按司马冏的意思暗中杀了他，之后大赦天下。东武公司马澹因不孝被流放到辽东，九月，朝廷征召他的弟弟东安王司马繇恢复旧爵，任尚书左仆射。司马繇举荐东平王司马楙为平东将军、都督徐州诸军事，镇守下邳。
早前，朝廷下令秦、雍二州召回流入蜀地的流民，还派御史冯该、张昌督办。李特的哥哥李辅从略阳到蜀地，说中原正乱，没必要回去，李特觉得有理，多次派天水人阎式找罗尚请求暂缓到秋天，还向罗尚和冯该行贿，二人同意了。朝廷论讨赵廞（xīn）的功劳，封李特为宣威将军、弟弟李流为奋武将军，都赐了侯位。朝廷诏书到益州，要给与李特一同讨伐赵廞的六郡流民封赏，广汉太守辛冉想独占灭赵廞的功劳，扣下朝命不如实上报，众人都很怨恨。
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罗尚派从事督促流民，限七月上路。当时流民散布在梁、益二州，靠给人打工为生，听说州郡逼他们迁徙，个个愁怨不知如何是好，加上当时雨水正多，庄稼未熟，没钱当路费。李特又派阎式找罗尚请求延至冬天，辛冉和犍为太守李苾不同意。罗尚举荐蜀郡人杜苾为秀才，阎式向杜苾陈说逼迁的利害，杜苾也想宽限流民一年，可罗尚听了辛冉、李苾的主意没同意，杜苾便交还秀才板回家了。辛冉贪婪残暴，想杀流民首领夺财，就和李苾对罗尚说：“流民之前趁赵廞之乱抢了很多东西，该在他们迁徙时设关卡夺取。”罗尚便让梓潼太守张演在险要处设关搜查财物。
李特多次为流民请命，流民都感激并依赖他，纷纷归附。李特在绵竹建大营安置流民，还写信给辛冉请求宽限，辛冉大怒，派人在路边张贴告示悬赏捉拿李特兄弟。李特看到后把告示都取回来，和弟弟李骧改了悬赏内容：“能送六郡豪强李、任、阎、赵、杨、上官及氐、叟首领首级者，赏百匹布。”流民见状更加恐惧，归附李特的人更多，十天半月就超过两万，李流也聚集了几千人。
李特又派阎式找罗尚申述延期，阎式见罗尚在险要处设营栅，料想他想突袭流民，感叹道：“民心本就不稳，现在逼迫太急，祸乱要起了。”他知道辛冉、李苾心意已决，便向罗尚辞行回绵竹，罗尚说：“你就把我的意思告诉流民，现在听任他们宽限了。”阎式说：“您被奸言迷惑，恐怕没真打算宽限。百姓虽弱却不可轻视，如今无理逼迫，众怒难犯，恐怕灾祸不浅。”罗尚说：“知道了，我不骗你，你走吧！”阎式回绵竹后对李特说：“罗尚虽这么说，但不可信。他威刑不立，辛冉等人又各拥强兵，一旦生变，他也控制不了，要多加防备。”李特听从，冬天十月分设两营，自己居北营，李流居东营，整修兵器，严阵以待。
辛冉和李苾商量：“罗侯贪婪又没决断，日复一日让流民施展奸计。李特兄弟有雄才，我们要被他们俘虏了！该决断了，别再问罗侯了！”于是派广汉都尉曾元、牙门张显、刘并等率三万步骑兵偷袭李特营寨，罗尚听说后也派督护田佐助战。曾元等人到后，李特安卧不动，等他们一半人入营，突然发起伏击，敌军死伤众多，李特杀了田佐、曾元、张显，把首级送给罗尚和辛冉看。罗尚对部下说：“这些贼寇本来要走的，可广汉没听我的话，助长了贼势，现在怎么办！”
此时，六郡流民李含等人共同推举李特为镇北大将军，李特按制度任命官职：弟弟李流为镇东大将军，号称东督护来统管；哥哥李辅为骠骑将军，弟弟李骧为骁骑将军，然后进兵攻打广汉的辛冉。罗尚派李苾、费远率兵救辛冉，二人畏惧李特不敢前进。辛冉出战屡败，突围逃到德阳，李特占据广汉，让李超当太守，接着进攻成都的罗尚。罗尚写信给阎式，阎式回信说：“辛冉狡诈，曾元小子，李叔平（李苾）也不是将帅之才。我之前为您和杜景文（杜苾）论说留迁的利弊，人人都念家乡，谁不想回呢？只是流民刚到，靠给人种田打工为生，一家五口挤在一起，又遇秋涝，请求等冬熟，却始终不被允许。逼迫太甚，如同逼鹿抵虎。流民不肯束手就擒，才导致生变。如果听我的话，宽限他们准备，不过九月底就能集结，十月上路回家，哪会这样！”
李特以哥哥李辅、弟弟李骧、儿子李始、李荡、李雄，以及李含、李含之子李国、李离、任回、李攀、李攀之弟李恭、上官晶、任臧、杨褒、上官悖等为将帅，阎式、李远等为幕僚。罗尚向来贪婪残暴，是百姓的祸患。李特与蜀民约法三章，施舍赈贷，礼贤拔滞，军政整肃，蜀民大悦。罗尚多次被李特打败，便设长围，沿郫水扎营，连绵七百里与李特相持，同时向梁州及南夷校尉求救。