霍禹、霍山家里多次出现怪异现象，全家人都忧心忡忡。霍山说：“丞相擅自减少宗庙祭祀用的羊羔、兔子和青蛙，可以拿这件事治他的罪。”他们谋划让太后为博平君设酒宴，把丞相、平恩侯等人都召来，让范明友、邓广汉假传太后命令将他们斩杀，趁机废掉皇帝，立霍禹为帝。计划已经定好，还没来得及实施，霍云被任命为玄菟太守，太中大夫任宣被任命为代郡太守。这时谋反的事情被发觉，秋天七月，霍云、霍山、范明友自杀，霍显、霍禹、邓广汉等人被捕。霍禹被腰斩，霍显和她的女儿、兄弟都被公开处死，和霍氏家族有牵连而被诛杀灭族的有几十家。太仆杜延年因为和霍氏有旧交情，也被罢官。八月己酉日，皇后霍氏被废，迁居昭台宫。乙丑日，皇帝下诏，封告发霍氏谋反的张章、期门董忠、左曹杨恽、侍中金安上、史高为列侯。杨恽是丞相杨敞的儿子，金安上是车骑将军金日磾的侄子，史高是史良娣兄长的儿子。
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当初，霍氏家族生活奢侈，茂陵有个叫徐福的人说：“霍氏一定会灭亡。奢侈就会不谦逊，不谦逊就会冒犯皇上。冒犯皇上，就是违背正道，地位比别人高，就会招来众人的忌恨。霍氏掌权太久，忌恨他们的人太多了。天下人都忌恨他们，他们还做违背正道的事，怎么可能不灭亡！”于是他上书说：“霍氏太强盛了，陛下要是宠爱厚待他们，应该及时加以抑制，别让他们走向灭亡。”他多次上书，皇帝只是批复知道了。后来霍氏被诛灭，告发霍氏的人都被封侯，有人就替徐福上书说：“我听说有个客人去拜访主人，看到主人家的烟囱是直的，旁边还堆着柴草，就对主人说：‘把烟囱改成弯曲的，把柴草搬远一点，不然会有火灾。’主人没理他。没过多久，主人家果然失火，邻居们一起帮忙灭火，幸好把火扑灭了。于是主人杀牛摆酒，感谢邻居，被烧伤的人坐在上席，其他人按功劳大小依次就座，但那个建议改烟囱、搬柴草的人却没被邀请。有人对主人说：‘当初要是听了那位客人的话，不用破费牛酒，也不会发生火灾。现在论功请客，提出改烟囱、搬柴草建议的人没得到一点好处，被烧得焦头烂额的人反而成了上宾？’主人这才醒悟，把那位客人请来。现在茂陵的徐福，多次上书说霍氏会有变故，应该提前防范。当初要是听了徐福的建议，国家不用花费封侯赏赐的财物，霍氏也不会有谋逆灭族的大祸。过去的事已经无法改变，但只有徐福没得到应有的功劳，希望陛下明察，重视防患于未然的建议，让提出建议的人得到比事后补救的人更高的奖赏。”皇帝于是赐给徐福十匹帛，后来还让他做了郎官。
汉宣帝刚登基去祭拜汉高祖庙时，大将军霍光陪同乘车。宣帝心里特别害怕霍光，就像背上扎了芒刺一样不自在。后来车骑将军张安世代替霍光陪同乘车，宣帝一下子就放松了，坐得舒舒服服，感觉自在多了。霍光去世后，他的家族最终被灭族，所以民间都说霍家的灾祸，从霍光那次陪皇帝乘车就埋下了种子。十二年后，霍光的女儿霍皇后又被迁到云林馆，最后自杀了。
历史学家班固评价霍光说：霍光接受先帝托孤，承担起辅佐汉室的重任，安定国家，拥立汉昭帝、汉宣帝，功劳大得就算是周公、伊尹也比不上。可惜霍光没什么学问，不懂大道理，纵容妻子搞阴谋，把女儿立为皇后，被欲望冲昏头脑，这才招来灭族大祸，他死后才三年，家族就全完了，真是悲哀！
司马光也发表看法：霍光辅佐汉朝，确实忠心耿耿，但为什么最后保不住家族呢？因为奖赏惩罚这些大权，本该是皇帝掌握的。臣子把持太久不归还，很少有不惹祸的。汉昭帝那么聪明，十四岁就能识破上官桀的诡计，本来就可以亲政了，更何况汉宣帝十九岁即位，又聪明又果断，还了解百姓疾苦。可霍光长期独揽大权，不知道适时退隐，还把亲戚党羽安插在朝廷各处，搞得皇帝心里窝火，百姓和官员也怨气冲天，大家都咬牙切齿、怒目而视，就等着时机发作。霍光自己能平安去世已经是万幸了，更别说他那些骄横奢侈的子孙了！不过话说回来，如果汉宣帝当初只给霍光子孙丰厚的俸禄赏赐，让他们享受大县的赋税，定期上朝觐见，也足够报答霍光的大恩了。可宣帝又让他们掌握政权、兵权，等矛盾越积越多了才开始打压，这才逼得霍家又怨又怕，生出谋反的念头。这哪只是霍家自己作孽，汉宣帝一步步的做法，也间接促成了这场悲剧！就像当年楚国的椒氏作乱，楚庄王灭了椒氏全族，却赦免了箴尹克黄，还说“如果子文没有后人，以后谁还愿意行善” 。霍显、霍禹、霍云、霍山这些人确实罪该万死，但霍光的功劳也不能被完全抹杀，不该让他断子绝孙，汉宣帝在这件事上确实有点薄情了。
这一年九月，汉宣帝下令降低全国的盐价，还让各郡国每年上报囚犯中因严刑拷打或在狱中生病死去的情况，包括死者所在的县、姓名、爵位、籍贯，由丞相和御史考核各地政绩，上报朝廷。
十二月，清河王刘年因为家里发生乱伦丑事，被废了王位，流放到房陵。
这一年，北海太守朱邑因为治理地方成绩第一，被调到京城当大司农；渤海郡闹饥荒，盗贼横行，当地官员根本管不住。汉宣帝想找个能干的人去治理，丞相和御史推荐了之前做过昌邑国郎中令的龚遂，宣帝就任命他当渤海太守。召见的时候，宣帝问：“你打算怎么治理渤海，平息盗贼？”龚遂回答：“渤海地处偏远，没怎么受到皇上教化，百姓饥寒交迫，官吏又不体恤，所以这些百姓才像小孩子一样，在池塘里拿着陛下的兵器玩耍（造反）罢了。陛下是想让我武力镇压他们，还是安抚他们呢？”宣帝说：“当然是选贤良的人去安抚他们。”龚遂说：“我听说治理混乱的百姓，就像解开一团乱绳子，不能着急，慢慢来才能理顺。我希望丞相和御史别用死板的法令约束我，让我能根据实际情况灵活处理。”宣帝答应了，还赏赐黄金送他赴任。龚遂坐着驿车到了渤海郡边界，郡里听说新太守来了，派兵迎接，龚遂把军队都打发回去了。他发公文给下属各县：“把追捕盗贼的官吏都撤了，只要是拿着农具的，都算良民，官吏不许刁难；只有拿着兵器的才算盗贼。”然后他一个人坐着车到太守府上任。盗贼们听说了新规定，马上就散伙了，扔掉兵器，拿起农具，叛乱就这么平息了，百姓们也能安心种地过日子。龚遂打开粮仓救济贫民，选拔好官吏去安抚百姓。他发现当地风气奢侈，大家喜欢做生意，不愿意种地，就带头勤俭节约，鼓励大家务农种桑，还按人口规定每家种多少树、养多少家畜。看到有人背着刀剑，就劝他们：“背着刀剑有啥用，不如卖了买牛犊，好好种地！”在他的努力下，渤海郡家家户户都有了积蓄，打官司的也少了。
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这时候，乌孙公主的女儿嫁给了龟兹王绛宾。绛宾上书说：“我娶了汉朝公主的外孙，希望能和她一起去长安拜见皇上。”
元康元年正月，龟兹王和他夫人来长安朝见，汉宣帝赐给他们印绶，封龟兹王夫人为公主，赏赐特别丰厚。
这一年，开始修建汉宣帝的陵墓杜陵，还把丞相、将军、列侯、俸禄两千石的官员，以及家产百万以上的富豪，都迁到杜陵附近居住。
三月，因为有凤凰落在泰山、陈留，未央宫降下甘露，汉宣帝下令大赦天下。大臣们又提议，应该给宣帝生父悼园追尊名号为“皇考” 。五月，就修建了皇考庙。
冬天，设置了建章卫尉这个官职。
赵广汉当京兆尹的时候，喜欢任用年轻的官吏，这些人大多是官吏子弟，办事风风火火，天不怕地不怕，有啥事儿都敢干，也不考虑后果，赵广汉最后就栽在这上面。他因为私人恩怨杀了一个叫荣畜的男子，有人上书告发，案子交给丞相和御史查办。赵广汉为了对抗调查，诬陷丞相夫人杀婢女，想以此威胁丞相，结果丞相查得更严了。赵广汉一不做二不休，带着官兵冲进丞相府，把丞相夫人叫到院子里问话，还抓走十几个奴婢。丞相上书申诉，案子交给廷尉审理，查明是丞相因为犯错惩罚婢女，婢女被赶出相府后才死的，根本不像赵广汉说的那样。汉宣帝知道后很生气，把赵广汉关进大牢。成千上万的百姓跑到皇宫门口哭着求情，有人说：“我活着对国家没啥用，愿意替赵京兆尹去死，让他继续来照顾我们百姓！”可惜赵广汉最后还是被腰斩了。不过说实话，赵广汉当京兆尹的时候，清正廉洁，打击豪强很有一套，百姓们日子过得安稳，所以一直很怀念他。
这一年，少府宋畴因为说“凤凰落在彭城，没到京城，不算什么祥瑞”，被贬去当泗水太傅。
汉宣帝把精通政务的博士、谏大夫派去当郡国守相，萧望之被派到平原当太守。萧望之上书说：“陛下心疼百姓，怕恩德不能遍及天下，把谏官都派去地方。可朝廷里要是没有敢直言进谏的大臣，陛下就不知道自己的过错，这是顾着小事忘了大事啊！”宣帝觉得有道理，又把萧望之调回京城，让他代理少府。
东海太守尹翁归因为治理地方成绩优秀，被调到京城当右扶风。尹翁归这个人，公正廉洁，眼睛雪亮，郡里谁是好人、谁是坏人，谁犯了啥罪，他心里门儿清。每个县的情况都详细记录在册，他按照记录来管理。要是有紧急情况，就先缓一缓处理；等官吏百姓稍有松懈，马上拿出记录查办。他抓人一般选在秋冬考核官吏大会上，或者出巡的时候，不会无缘无故抓人。而且他抓一个人，就能震慑一群人，大家都服服帖帖，不敢再干坏事，纷纷改过自新。他当右扶风的时候，选拔廉洁公正、痛恨奸邪的官吏担任要职，以礼相待，和他们同好恶；谁要是辜负他的信任，惩罚也绝不手软。但他为人温和谦逊，从不仗着自己有能力就骄傲，所以在朝廷里口碑特别好。
还有个事儿，乌孙公主的小儿子万年，很受莎车王宠爱。莎车王死后没儿子，当时万年在汉朝，莎车国人想着依靠汉朝，又想和乌孙搞好关系，就上书请求让万年当莎车王。汉朝答应了，派使者奚充国送万年去上任。可万年刚当上国王，就又残暴又凶狠，莎车国人都很不满。
皇帝让大臣们推荐能出使西域的人才，前将军韩增举荐了上党人冯奉世。当时，冯奉世以卫候身份持节护送大宛等国使者到伊循城。谁能料到，莎车王的弟弟呼屠征联合周边国家，杀掉了莎车王万年和汉朝使者奚充国，自己称王。与此同时，匈奴发兵攻打车师城，虽然没打下来，但也来势汹汹。呼屠征还四处放话，说“西域北道各国都归匈奴了”，接着便攻打南道各国，强迫他们歃血为盟背叛汉朝，从鄯善往西的道路全都断绝。
当时，汉朝都护郑吉、校尉司马喜被困在北道各国之间。冯奉世和副手严昌商量，觉得要是不赶紧攻打莎车，莎车就会越来越强大，到时候局面根本控制不住，整个西域都会陷入危机。于是，冯奉世凭借符节向西域各国国王传达命令，征调他们的军队，南北道合起来凑了一万五千人，向莎车发起进攻，一举攻破城池。莎车王自杀，他的首级被送到长安。随后，汉朝重新立了莎车王室其他子弟为王，西域各国的叛乱被平定，冯奉世的威名震慑了西域。战事结束后，冯奉世才将此事奏报朝廷。皇帝召见韩增，高兴地说：“要好好恭喜将军，你举荐的人太靠谱了！”
冯奉世继续西行到大宛。大宛听说他斩杀了莎车王，对他的敬重远超其他使者，还送给他一匹名叫“象龙”的名贵宝马。皇帝特别高兴，和大臣们商议着要给冯奉世封侯。丞相、将军们都觉得可行，唯独少府萧望之反对：“冯奉世这次出使是有明确任务的，但他擅自假传圣旨，征调各国军队。虽说立了功，可不能开这个先例。要是封了他，以后出使的人就会想着效仿，为了立功在万里之外随意发兵，给国家在边疆惹麻烦，这种风气绝不能助长，所以冯奉世不该受封。”皇帝觉得萧望之的话有道理，只任命冯奉世为光禄大夫。
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元康二年正月，皇帝大赦天下。这时候，他打算立皇后。当时，馆陶公主的母亲华婕妤、淮阳宪王的母亲张婕妤、楚孝王的母亲卫婕妤都很受宠，皇帝原本想立张婕妤为后。但一想到之前霍氏家族曾企图谋害皇太子，犹豫许久后，决定从后宫中挑选没有子嗣且性情谨慎的女子。二月乙丑日，长陵人王婕妤被立为皇后，皇帝让她抚养太子，并封她的父亲王奉光为邛成侯。不过，王皇后并不受宠，很少能见到皇帝。
五月，皇帝下诏说：“刑狱关乎百姓的性命。能让活着的人不抱怨，死去的人不怨恨，这样的官吏才配叫‘文吏’。可现在的情况却不是这样。有些官吏用心险恶，歪曲法律条文，判案时轻时重，上报的案情也不属实，朝廷根本没法了解真实情况，百姓还能指望谁主持公道？各地郡守要仔细审查下属官员，绝不能任用这样的人。还有些官吏擅自征发徭役，大肆装饰接待过往官员的馆舍，超规格招待，越权违法只为博取名声，这就好比踩在薄冰上等待太阳出来，能不危险吗？如今天下不少地方遭遇瘟疫，我非常痛心，受灾严重的郡国，今年的租赋就不用交了。”