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在双方的共同努力下，时间陷阱技术和能量矩阵的结合研究迅速展开。科研人员们在实验室中进行了多次模拟实验，不断调整参数和设置，试图找到最佳的组合方式。

然而，就在科研工作有条不紊进行的时候，联盟的殖民地又出现了新的问题。一些居民在疾病康复后，出现了奇怪的后遗症。他们的身体机能虽然恢复了正常，但却经常出现幻觉和记忆混乱的情况。

林宇得知这一情况后，立刻派遣医疗专家和科研人员前往殖民地进行调查。医疗团队对患者进行了详细的身体检查和心理评估，科研团队则对患者体内的微生物和能量场进行了再次检测。

“从身体检查结果来看，患者的生理指标都很正常，没有发现明显的病变。但在心理评估中，我们发现他们的大脑神经元活动存在异常，可能是导致幻觉和记忆混乱的原因。” 医疗专家向林宇汇报。

科研人员也表示：“我们检测到患者体内的微生物虽然已经被消灭，但它们留下的一些代谢产物似乎对患者的神经系统产生了影响。而且，患者周围的能量场也存在一些微弱的异常波动，这可能与之前的疾病和能量核心有关。”

为了解决这个问题，医疗专家和科研人员组成了联合攻关小组。他们查阅了大量的资料，进行了无数次的实验，试图找到治疗患者后遗症的方法。

在一次实验中，一名科研人员突然想到了能量矩阵与生物意识的共振研究。“我们能不能利用能量矩阵来调节患者大脑神经元的活动，修复受损的神经系统呢？” 他提出了这个大胆的想法。

于是，联合攻关小组决定尝试这个方法。他们在严格的安全措施下，让患者接受能量矩阵的能量共振治疗。经过一段时间的治疗，患者的症状逐渐得到了缓解，幻觉和记忆混乱的情况也减少了。

“看来这个方法是有效的，我们要继续优化治疗方案，确保患者能够完全康复。” 林宇对治疗结果感到满意，但他也知道，这只是解决了一个问题，未来还可能会出现更多的未知挑战。

在联盟积极解决内部问题的同时，宇宙中的局势也在悄然发生变化。一些小型文明在看到联盟的强大实力后，纷纷表示愿意与联盟建立友好关系，寻求庇护和合作机会。林宇对此表示欢迎，他深知，在宇宙中，团结更多的力量对于联盟的发展和稳定至关重要。

然而，也有一些势力对联盟的崛起感到不安。在宇宙的某个角落，一个神秘的组织正在暗中观察着联盟的一举一动。这个组织的成员身着黑色的长袍，他们的脸上戴着面具，看不清真实的面容。

“联盟的发展已经超出了我们的预期，他们不断壮大，掌握了越来越多的先进技术。如果不加以遏制，我们的计划将难以实现。” 组织的首领说道，声音低沉而冰冷。

“首领，那我们该怎么办？联盟现在实力强大，我们贸然行动可能会遭受重创。” 一名成员问道。

首领沉思片刻，说道：“我们不能正面与联盟冲突，而是要从内部瓦解他们。我们可以利用联盟殖民地的问题，制造恐慌和混乱。同时，暗中联系‘暗渊文明’和‘影蚀文明’，给他们提供一些资源和技术支持，让他们再次对联盟发动攻击。我们则在一旁坐收渔利。”

“是，首领！我们立刻去办。” 成员们领命后，迅速展开行动。