“为何？”郑芝豹奇道：“我们现在几乎是截断了荷兰人通往日本的海路，而且，在台湾也开始陆续移民了，形势对我们非常有利呀！”

“对荷兰人，我们自然占据了优势，但是，咱们大明朝廷，颓势渐显呀。”郑芝龙摇头说道：“北方的流贼难消，东北的建奴，亦是愈发势大难制了。”

五月，张献忠反于谷城。七月十七日，左良玉率军追献忠，逾房县八十里，被张献忠设伏围困。左军远道奔袭，兵乏食，前锋将罗岱被俘，良玉大败奔还，军符印信尽失，弃军资千万余，士卒死者万人。帝闻之大惊，八月二十七日，特旨命嗣昌督师，赐尚方剑，以便宜诛赏。

郑芝龙昔日招抚的恩主熊文灿因张献忠再反，致抚局失败，而被锁拿入狱（其后于1640年被斩）。

九月初一，帝召嗣昌于平台。嗣昌言，臣朝受命夕起行。二十九日，抵襄阳。十月初一日，嗣昌于襄阳大誓三军，进剿农民军。时明军诸将积骄玩，无斗志，嗣昌鞭副将、斩监军佥事、劾逮湖广巡抚方孔炤，整饬军纪。

闯逆，李自成部，于渭南潼关南原遭遇洪承畴、孙传庭的伏击，溃之，携贼首刘宗敏等残部17人躲到陕西东南之商洛山中。

然，献忠再反，受其影响，隐伏的李自成等多路农民军也重整旗鼓造反，贼势复起。

东北的建奴亦是愈发势大难制。6月23日，明廷因东事愈重，乃决策抽练各镇精兵，复加征“练饷”。辅臣杨嗣昌定议：宣府、大同、山西、延绥、宁夏、甘肃、固原、临洮、辽东、蓟镇，及保定、畿辅、山东、河北各镇兵由各总镇、巡抚、总兵分练，东西策应，闻警即至。

在一战击溃流贼于陕西后，帝调洪承畴为蓟辽督师，主持与建奴作战。

10月，建奴再攻宁远（今辽宁省兴城）。时宁远守将为都督同知金国凤，统军近万人。清军攻宁远，明将士胆怯。国凤愤，率亲丁数十人出据北山冈与清兵苦战，矢尽力竭，与二子及众亲丁皆战死。

蓟辽督师洪承畴，军马不精，士气不振，未敢轻敌冒进，停驻宁远后方，以待建奴势去。此前，锦州被围已数月之久，且外城被建奴击破，情势越发危急。

京师户部，数次催促南直隶及福建、广东速速将“练饷”、“辽饷”、“剿饷”及赋税解送北京，以为练兵筹饷之用。公文之急切，措辞之严厉，为历年之甚。

“朝廷之颓势，对我们在海上与荷人争锋，当无关碍吧？”郑芝豹小心地问道。

“这天下，已然要乱了。”郑芝龙郑重地说道：“我们必须做长远打算了。此时，尚不是与荷人相争的时刻。我们目前不仅要控制泉州、同安中左所等福建要地。而且，我们还要往潮汕发展，最终经略广东。”

“另外，为了有一个稳固的后路，台湾，必须加大移民力度，着力进行有效开发。将一些泉州、福州的工坊机械，能提前开建的尽量投入台湾。而且，那里必须要建一座造船场，而且，务必要使其可建大船。从西班牙人与荷兰人手里俘获的工匠、艺人、炮手、火枪兵，以及水手，一个都不能放走，全部充入我们建设的工坊和军中以为效用。”